首先这个问题就不成立——长崎显然有百年老店，而且不光长崎有，实际上广岛也有。
其次，长崎被核爆时爆心并不在市中心（虽然在浦上地区位于长崎市的中心区域，但长崎市的中心区域并不是市中心，市中心在南边）。而广岛则倒霉的多，爆炸中心离着市中心并不远，同时广岛市基本上一马平川，这也就大大提高了轰炸效果。
所以长崎被爆破时市中心受到的影响要远比广岛要小。
而且那时候投弹都有误差，譬如广岛核爆时虽然当时的空中情况使得轰炸精度较高，但核爆瞄准的是目标是相生桥。实际上爆心则在相生桥二百米开外的岛医院（就叫岛病院，而不是广岛医院）。
长崎原爆则更加混乱一些，具体情况
的回答已经有了详细的介绍，总之基本上属于“对着要投弹的位置胡乱把原子弹丢下去了”的情况。所以长崎核爆的主要受害地区是城市的（地理）中心偏北边，离着市中心大概三公里远，爆心位于松山町171号别墅网球场上空的503米左右。
不过丢在这里也不算是完全没有战果——比如爆心附近恰好有三菱海军工厂的酸素鱼雷生产中心，虽然不是完全命中但是附带伤害也炸了个七七八八。
广岛和长崎核爆的另一大区别是长崎核爆并没有造成过于严重的市政领导机构瘫痪——长崎核爆前一天的晚上，长崎县知事永野若松听说了广岛被新式炸弹摧毁的消息后，第一时间就通知长崎县市政领导班子、和警察部门的大小领导到机关宿舍报道，第二天开会讨论对策。核爆当日长崎县和长崎市大小领导们集体在远离核爆中心区的长崎市立山的县防空本部防空地下掩体开会，由此逃过一劫。
广岛的情况则要糟糕的多，核爆时位于爆心附近的广岛城是当时第二总军的司令部，而广岛城则是奇迹般逃过了一国一城令和幕末拆城令的木质古建筑。于是核爆当日，除了司令部防空掩体内负责广播的广播人员和办公人员外（当时正是夜班和白班交班的时间），第二军管区司令藤井洋治中将，司令部机关工作人员及家属1000余人，两名在广岛城接受审讯的美国飞行员，在广岛城内进行竹枪训练的比治山女高中七十余名师生，以及在附近驻扎的几千名士兵连同广岛城一起全部化为了尘埃。广岛市政厅设也受到了波及，比如当时住在市长厅舍广岛市长粟屋仙吉一家全员遇难，幸免于难的次女则在1945年11月因为在长崎二次被炸而死于辐射并发症。
核爆发生时，朝鲜王室直系后代，时任第二总军教育参谋李鍝公爵正骑马前往司令部上班途中，结果在距离核爆中心的福屋百货店遭遇核爆。李鍝在被炸后继续骑马向西方前进，直到精疲力竭，在本川桥西头拿着拔出的军刀蹲了下来。以这种姿态直到当天傍晚被搜索队发现，之后被立即送往医院治疗。但还是在8月7日凌晨5点5分死亡。
另一位死于上班途中的大领导则是时任中国地方总监（这个中国地方指的是旧毛利八国，也就是广岛地区，这是个战争末期新设立的职位）的大冢惟精，核爆当日他正在川町的官舍（这房子还是他租用的东洋工业社长松田重次郎的豪宅）等着专车接他上班，结果遭到了核爆。被压在房梁下面动弹不得的他劝说妻子赶快逃离避难，而自己则被房屋着火引发的火灾烧死——大冢是当时八位地方总监中唯一死于战争的。松田重次郎本人则因为核爆时并不在当地而幸免于难。
广岛县知事高野源进算是个幸运儿——核爆当日他正在外地出差，但是回来之后，由于中国地方总监和广岛市市长都已经在核爆中遇难。所以所有的大小工作就全都压在了他这个唯一幸存的领导身上，一度被繁忙的事务压的脱不开身。
不过爆心浦上地区还是在核爆中遭了大殃，有三个比较标志性的核爆损毁区域——分别是距离爆心最近的浦上天主堂、稍远一点的长崎市立医科大学、以及三菱重工长崎军工厂
因为离着爆心最近，浦上天主堂几乎被完全摧毁，当时神父西田三郎、玉屋房吉等数十名信徒正在教堂举行庆祝圣母升天节的仪式，核爆发生时，所有人都被压在倒塌的瓦砾下，全员当场死亡，没有任何生还者。
较为讽刺的是，始建于1638年，源自于镇压岛原之乱的松平信纲在长崎所建造的山王神社，也同样在核爆中被摧毁。整个神社仅留下两个相对完好的鸟居和一颗在核爆中奇迹生还的大树，后者也成为核爆后长崎复苏的象征。
另一个损失惨重的地区是距离爆心600-800米左右距离的长崎医科大学，核爆发生时，长崎医大的基础教室、临床教室（附属医院）、附属医专、附属药专、东亚风土病研究所、护士宿舍等全部校舍、设施瞬间倒塌起火。此时正在上课、巡诊的教授、学生、护士、职员等共计896人遇难，另有大约200名左右的病人也因此遇难（此前长崎曾经在八月一日遭到轰炸，所以疏散了一些轻症病人）。
在这些被破坏的校舍当中，基础教室的情况最为凄惨——核爆发生时大约有400名师生正在听课，木质结构的校舍登时被摧毁；大部分师生不是直接死亡（后来在清理学校废墟时发现了一些遇难者以白骨化的形态保持着在课堂上课的姿态），就是因为被困在倒塌的木质结构建筑下被活活烧死。核爆当日在基础教室上课的师生除一人逃生死于急性辐射病外全部当场死亡。
为数不多的幸运儿主要集中在当时正在距离爆心700米左右的临床教室，由于临床教师采用了较为坚固的建筑材料，所以核爆发生时，当时进行考试的大三大四学生中有少数幸运儿得以在核爆中幸存。
时任长崎医大的校长角尾晋在8月7日从东京出差归来，8月8日列车途经广岛时目睹了广岛的惨状，回到长崎后在大学的早会上做了关于新式炸弹损害情况的报告。8月9日11点2分核爆时，角尾晋正在内科病房巡诊，被冲击波击碎的玻璃碎片击中，受了致命伤，8月22日伤重不治去世。成为比较少见的目睹了广岛核爆之后又亲自经历了长崎核爆的遇难者。根据战后的调查，经历了“二次被爆”的亲历者大约有165位，其中有大约18位在20年后依然健在。
作为本次空袭中目标价值最高的军工设施，三菱重工长崎兵器制作所的大桥工厂和茂里町工厂全部位于核爆区域内，其中大桥工厂整个被夷为平地，茂里町工厂大约有一半的建筑被彻底摧毁。军工厂附近的设施也未能幸免——比如当时已经疏散，主要供工厂员工以及学徒兵居住的长崎师范学校、成山国民学校、长崎市立商业学校、山里国民学校全部摧毁。
工厂区大约10000名员工当中，包括登原刚藏所长在内的2237人遇难，5679人受伤。死者中包括公司员工335人，工人1358人，学徒580名——由于彼时日本已经进入战争体制，遇难者中的“学徒”一般指的是被动员进入工厂的学生。
两个工厂是战时酸素鱼雷的主要产地，同时也负责一些火箭燃料的生产。大桥工厂在核爆前曾经引入了一个规模颇大的天然气储罐区，用以军用推进燃料的研制。核爆发生时，天然气储藏区被完全摧毁，一共有48位工人及家属遇难。
所以综上所述，假如你是一家位于长崎的百年老店，你只要在1945年8月9日上午十一时二分的时候没有把店开在浦上区域，安安稳稳的住在南边；没有因为出差要前往长崎站，或者没有身体上的不适要前往长崎医科大学附属医院就医的话，以及——在整个战争期间从未收到征兵传票以及不怕被妇女报国会的怨妇们嚼舌根的话，那么你的店就大概率能在当时挺下来。
更何况存地失人，人地皆失；存人失地，人地皆得；店铺毁了，人还在，那就有重建的可能。但人死了，哪怕店铺还在，那也是失去了传承的意义。
从这个角度来讲，即使在市中心真正被摧毁的广岛，也不可能不存在着几代人传承的店铺。
而进一步的，如果你在二十世纪五十年代没有乘坐洞爷丸号去北海道游历，二十世纪七十年代没有乘坐日航123号航班，在泡沫经济时代不乱乱花钱、贷款买股票，在1995年不前往大阪、淡路、神户一代，不在东京坐地铁、2011年三月没有去会津一带的海滨度假的话——那么你的百年老店多半可以开到现在，你也可以在经历了以上种种之后，安安静静的看着一波又一波的年轻人在这里说说笑笑。享受这极为难得的，战后79年的和平时光。
归根结底，这种所谓的“黑色幽默”除了止增笑耳外没有任何助益——当然也不只是黑色幽默，颇多S3爱好者也都有种“反正核弹也轮不到炸我”或者“只要我够努力，核弹就炸不到我”的心态。
然而实际上，真等到核弹落下来——一切身份、地位、境遇、道德早就随着光辐射和冲击波烟消云散了——无论是你拥有李鍝那样显赫的家庭出身(朝鲜李氏去日本以后无论是待遇还是生活水平都不可谓不优厚)，还是拥有粟屋仙吉、大冢惟精、藤井洋治那样的做题家精神（从旧帝大、陆大毕业的官僚可大部分都是做题家），也不管你曾经遭遇了多大的委屈（比如死在浦上天主堂那些自岛原之乱一来一代代历经幕府迫害的切支丹后人），抑或是平时积德行善（比如长崎医科大平素治病救人而不是活吃战俘的医生），抑或是站在正义的一方（譬如在两次原爆中遇难的战俘们）。战争如同磨盘一般把这些形形色色的人吞噬、碾碎、消化，成为后世人或津津乐道、或剑拔弩张的讨论中的谈资和养料。
与其希冀着世界大战能令你名垂千古，流光溢彩，实现阶级跃升；倒不如去爱这个暂且和平且默默无闻的，流光溢彩的世界。
