这其实是个挺复杂的问题。我以前看过远东军事法庭的记录，我没怎么看懂，非常复杂，但是大致上是以下几个原因：
首先，南京大屠杀遇难者的范围并不止南京。鬼子在常熟，无锡，丹阳时就疯狂劫掠与屠杀（大约三万人遇难）当时日军在淞沪会战时遭受比预期高出非常多的损失，日本国内有人希望停战，这让在前线作战的陆军觉得很困惑，为了避免国内停止供粮，日本陆军将领下令鬼子四处劫掠，因为是日本陆军临时下的命令，中方根本没有得到任何情报，因此许多住在南京周围城镇的居民是莫名其妙忽然看到鬼子从天而降开始胡乱杀人，而这些居民很多连细软都来不及收拾就仓皇逃入南京，他们很多已经没有离开南京的能力。
其次是唐生智指挥错乱。唐生智一开始说要与南京共存亡，甚至把难民唯一逃跑的路截断了，在那之后想跑的也走不了。直到已经明显发现打不赢了，常凯申才下令唐生智仓皇撤退。因为命令转变的太快，唐生智没有时间安排百姓撤退，只能放任百姓乱跑。
唐生智本来的计划是军队正面突围，给逃亡的老百姓争取时间，但是他又忽然改变计划（所以指挥官才能是非常重