1.先看看迁都北京是否具有必要性。
经辽宋金元，南北割裂几百年。宋在北宋时期就有求而不得燕云抨击燕云汉人的前科，南宋更是形成了南北武装对峙的格局。到元一百年，虽有南人携重金到北京讨官运的零星交往，南北经济、人文、文化割裂的大格局已经切实存在。朱元璋时期尚有南北榜案（意图打压或挑拨南北分化喝对立）的大案要案。
又经历靖难之役，河北大部被打的满目疮痍，别说城防了，连人口都不足吧。同时北方的北元尚在，部分蒙古部族和北元若即若离，内附大明的还是少部分。如果北京燕山防线被突破，蒙古部族会重新聚集在北元的汗旗之下，辽东都司就直接孤悬海外。此时，充实河北地区，特别是北京燕山、宣大防线刻不容缓。
原驻扎在北京燕山防区的驻军现在正在南京，调拨这些军事力量回归北京防线岗位，恢复开邯、徐济运输线是头等大事。更别提宣大驻军不能动，紫荆、井陉、山海关、石家庄征调过来剿燕的其他军区战力和一路跟着朱棣“跑到”徐蚌的“前朝追兵”。仍建都在南京，就意味着要把靖难元勋从北京边防军指挥官抽离国防线，不如迁都北京既要又要。
综上，不论政治、军事还是文化方面，迁都北京利国利民。
2.中后期能否迁都南直隶或其他地方？
先说结论，不能。对北方蒙古和东北方向的军事压制，出拳发力点都在北京。且再贯通开邯、徐济、济辽运输线后，国家财政和物资运转已经恢复正常，就算是缩边，也不能缩北京燕山和宣大（宋朝告诉我们的）。迁都南京，山东凭啥还要喂养辽东？辽东督司也得缩。北京移除首都职能后，那还有这么多物资补充到北京。特别是辽东也闹事，失去辽阳之后。宁锦是北京防区最后的底线。就明后期宁锦、北京这种驻扎密度下，后金还能入关劫掠。失去北京后，不就又是翻版靖难骑兵一路突进就到南京了？
在吴三桂倒向满清后，不也是一目了然。沿宣大进山西攻关中，沿河北山东安徽下南京。终明一朝，定都北京都没能够充实河北，在河北形成邯郸济南防线，济南只能罩得住山东，河北没啥重点防御阵地，过了济南就是徐蚌或者连云港淮安，下一个防守阵地就是南京和苏杭。
综上，确实天子守国门。
分割线，以下说君王死社稷的事。
再说结论，不配。明中期皇帝就开始在内部朝局上失控，失控后还特别好玩，摆烂。回答完毕。
哦，叠个甲，失控＝失去掌控力，但还是能产生极为重要的影响。哎，可气啊，影响都体现在摆烂上了。吴三桂这都等到大顺攻进北京才造反，要是有点雄心，孙传庭败亡后就玄学进京逼宫狭天子以令诸侯了啊！你要知道当时国家的绝大多数骑兵都在你手，计划周密点，再造个谣宦官专政，国师岂不是手到擒来！何必给满清当三姓家奴。文官瞎逼逼就扇他们的脸！你看看皇帝都被你们逼得摆烂了！还说，撕了你的嘴！