抗战爆发后3年，中国军队在正面和敌后两大战场团结奋战，迫使日军的战略进攻停止，但随着战争形势的稳定，国民党发现八路军和新四军擅自扩大军事力量，八路军从国民政府规定的3个师扩展兵力达30个师的数量（虽然还是号称3个师），新四军3个支队也发展了超过10万人的部队，国民党于是在1939年召开了五届五中全会，制定了限共，融共和防共的方针
1939年12月，阎锡山发动晋西事变，派遣孙楚，郭宗汾所部袭击山西新军决死一纵队和二纵队，并派遣第6集团军突袭八路军晋西北根据地，但是被八路军成功化解，晋绥军各部被纷纷击败，而且阎锡山得知蒋介石也企图等晋绥军和八路军斗得两败俱伤的时候，派卫立煌接管晋南，胡宗南接管晋北，坐收渔利，遂停止了摩擦
但是国共关系依然很紧张，1940年3月，由于国民党在冬季攻势中给予日军沉重打击，于是出现了一些对日军的轻敌情绪，军委会参谋长何应钦制定了《防制皖南新四军具体意见》，将摩擦中心从华北移向了华中，皖南事变就是在这样的背景下爆发的……
1941年1月7日，当皖南新四军各部分别通过指定山岭时，遭到了李品仙，顾祝同各部的攻击，新四军边打边往星潭出发，却在星潭遭到了国军两个师的拦截，皖南新四军被国军打的乱了阵脚，会师已经不可能，只好于夜间12点开始撤离，向高岭突围。
1月8日，新四军走错了路，误走到了濂岭，被李品仙和顾祝同分兵围困，叶挺果断下令向丕岭的茂林镇方向移动，然而一纵队和二纵队在丕岭遇到了国军四个师的堵截，第三纵队在牛栏岭突围失败，部队多被冲散，溃不成军，叶挺亲自上阵指挥也无法挽回局势，（说实话感觉国军打的还真不赖）。
1941年1月10日，新四军付出了两千多人伤亡的代价一口气冲破重重国军防线打到了石井坑，叶挺以为可以喘口气了，可是他哪里知道真正的战斗才刚刚开始。
12日，新四军突然遭到了国军9个师近10万大军的合力围击，石井坑之战异常惨烈，到了13日，石井坑实在守不住，叶挺被迫下令分散突围，一路往东北突围，一路往南突围，一路往西北突围。
14日，新四军往西北突围的那一路成功跑了出去，而另外两路则陷入了绝境，下午4点，叶挺亲自去谈判，被国军扣押逮捕，顾祝同和李品仙趁新四军群龙无首，发动了全线进攻，新四军指挥部被彻底粉碎！新四军副军长项英下落不明，皖南事变最终以国军的胜利告终。
国民政府在皖南事变的行为遭到了国内外的反对，除了八路军发表通电以外，宋庆龄，柳亚子和何香凝在香港也发起了抗议，三次致书蒋介石，要蒋介石“悬崖勒马”，“撤销剿共部署，解决联共方案”，冯玉祥指责何应钦搞阴谋，说新四军抗战有功，妇孺皆知。英美两国也为了自身利益对皖南事变表示“遗憾和失望”，只有汪伪政府在称赞蒋介石，并积极配合其围剿新四军。
1941年3月6日，随着抗战形势的再次恶化，也由于国内外舆论的影响，蒋介石在国民参政会第二届会议上保证不会再有剿共的军事行动，14日，他约见周恩来答应解决国共之间的若干问题，皖南事变这才彻底结束。
说实话从国民政府的角度来看，皖南事变是抗战以来国军打的最精彩的一次围歼战，但是从全局角度看，皖南事变来的太早，中国还未在与日本的战争中取得优势就开始了内斗，不仅是抗日力量的损失，也对于国民政府的抗日形象也是一种损坏，着实是国民政府的一步昏棋