同情巴勒斯坦的以色列“新历史学派”学者伊兰·帕佩（Ilan Pappé）也反对两国方案，原因有四：
第一，他认为“两国方案”是种族隔离的延续。在巴勒斯坦经济实力欠缺，领土处于绝对劣势的情况下，两国方案只会在法律上固定不平等与种族隔离。
第二，从现实角度来看，“两国方案”早已不可行。以色列的军事破坏、定居点政策、隔离墙建设，东耶路撒冷被以色列事实统治，还有以方对边界和水资源的控制，种种问题叠加，即使建立“巴勒斯坦国”，也注定有名无实，依然是任以色列发落和宰割的羔羊。
第三，帕佩主张“去殖民化”的一国方案：所有生活在历史巴勒斯坦（现今以色列+加沙+西岸）的人都拥有平等的公民权利；国家结构不再以“犹太民族国家”为基础，而是基于多民族、世俗、民主原则；以及建立类似南非种族隔离结束后的过渡性政治和和解机制。
第四，帕佩批评“两国方案”是西方自由主义者对殖民历史反思不彻底的权宜之计、半吊子解决方案，从根本上回避、掩盖了自1948年以来巴勒斯坦人遭受的无尽苦难。
