下面也有回答，提到了明朝其实是有的，不过规模并不算大。
我个人认为原因主要有三点。第一是人地矛盾，明朝末年人口也只有两亿人左右。人地矛盾并不算尖锐，而且根据当时的一些资料来看，西北那边还是以自耕农为主的，土地兼并最严重的地方其实是江南一带。西北之所以会陷入糜烂，很大程度上是因为天灾以及辽饷，而非所谓的人地矛盾或者地主兼并土地。
清朝末年，在太平天国起义爆发前，整个清王朝的人口就已经有四亿了，而且不要看清朝的面积有那么大，但很多边疆的地方人口是很稀少的，而且清王朝也不允许关内的人去边疆开垦，对东北开垦的禁令甚至一直持续到了日俄战争时期。所以当时西北的人地矛盾就已经变得非常尖锐了，事实上在太平天国爆发的同时，其他地方也因为人地矛盾等问题爆发了大规模的民变。两广大成国起义、華北捻军起义、四川李永和蓝朝鼎起义、福建红钱会起义、云南杜文秀之乱、再加上西北的那啥，可以说整个大清哪个地方没有乱？
第二个原因，我想是因为朝廷的不同。明朝朝廷总体来说并不是一个集权的王朝，他对内的各种控制能力远远比不上满清。永乐帝死了以后，到下面的宣德年间，很多文官大臣就已经开始试探皇帝的底线，或者开始尝试和皇权掰手腕了。等到后面的嘉靖那更是离谱，皇上连亲爹都认不了。万历皇帝也是被那帮文官折腾的20多年不上朝。为什么我要强调这一点呢？因为明朝对内部的控制能力较弱的情况下，绝大多数的民间人士都会把注意力放在一些世俗学术思想方面的研究，例如西学东渐，阳明心学等等。在这样的情况下西北那些天方门宦也更倾向于世俗化，研究今世的学问。等到满清统治时期，一切都改变了。清朝的文字狱使得全国绝大多数的文人全都噤若寒蝉，而且这玩意一直持续到道光年间都还非常的有活力，以至于龚自珍都写诗哀叹文字狱。此外，更别提清朝的那种愚民政策了，好多地方的学堂都被荒废掉了，识字率也是一跌再跌。在这样的环境下，整体的社会氛围就会从世俗化转变为宗教化，开始寄托来世的幸福。白莲教在明朝最严重的时期也不过就是唐塞儿这种占领几十个县。到了满清统治时期，居然能出现王聪儿这种纵横五个省，波及几百个府县的大规模起义。在这样的情况下，西北那些门宦也自然会从世俗化逐渐往宗教化甚至极端化改变。
第三点，我认为是外部环境的影响。明朝的时候游牧民族针对定居农业民族仍然具有优势。在东方对应的就是明朝必须得花大精力去解决蒙古问题，在西方对应的就是克里米亚汗国和奥斯曼帝国这两位。所以西北的那些门宦就是处在一个类似于战争前线的状态，必须要时常和漠北或者是西域雪域之类的一些匪盗作斗争。在这样的情况下，他们自然倾向于抱明朝的大腿，接受明朝的雇佣来对抗这些势力。毕竟这些门宦所代表的势力，本质上仍然是定居农耕文明，最多稍微掺杂了一点点商业元素，和这些游牧文明还是格格不入的，对比一下隔壁的叶尔羌汗国那叫一个惨啊，叶尔羌那个汗庭根本没有税收，没钱了直接往下面抢的。对比一下明朝的简直就是光之国了。所以西北门患看到叶尔羌汗国的统治者，是不会有那种同教的友情，多半是会感叹幸好我没有被这样凶残野蛮的家伙统治。
然而到了清王朝，尤其是清中后期以后，由于那几个板块都被满清所征服，所以他们就没有和周边的漢人以及朝廷抱团的理由了，甚至于朝廷还是限制他们进一步前往西域发展商业网络的阻力。再加上满清的刻意调所导致他们与周边漢人的关系开始进一步恶化。最终就酿成了那种结果。