这个问题并不复杂，要明白明朝为什么没有回乱，就得明白一个道理，你想要哪一种国家？哪一种社会？无论哪一种社会，利和弊都是相互的。
中国从古到今的社会形态其实粗略的看，只有两种，北朝型社会和南朝型社会。
所谓北朝型社会，通俗来说就是“绝对的秦制”。国家严格管理小农，从朝廷到基层一杆子插到底。基层组织被严格打压，不准私自结社。而对外则呈现出保守封闭的状态，和外界只有少量的交往。
所谓南朝型社会，就是“虚假的秦制”，在形式上南朝型社会是维持一个帝国的外形。而实际上帝国对私自结社组织睁一只眼闭一只眼，帝国权力机构之外各种宗教组织，帮会组织层出不穷。对外帝国和外界的交往更多，外界经济影响和文化影响更容易渗透到内部。
而明朝初年直到中期，是一个严厉的“北朝型社会”，对外闭关锁国。对内打击结社，让每户小农尽量原子化，松散化。
具体到伊斯兰教，明朝对伊斯兰教是“尊重且限制”，无论是明太祖明成祖还是明武宗对清真教阿訇都是赏赐不断，赐匾建寺。但是具体到实处，清真教阿訇被明朝廷严厉剥夺了法律裁判权，回民在明朝婚丧嫁娶或者刑事诉讼，阿訇都不得干预。必须完全由朝廷官员决定。这就形成了明代伊斯兰教是纯粹的宗教，有文化影响力无组织能力的局面。
这一点就连莫卧儿帝国的皇帝都知道，明朝万历年间，奥斯曼苏丹和莫卧儿皇帝胡马雍争论印度穆斯林念胡图白（赞美真主后第一个称赞的君主是谁）应该念印度皇帝还是土耳其苏丹的名字。土耳其使者坚持说“就算是契丹明国皇帝属下的穆斯林，他们第一句赞美对也是土耳其的哈里发，印度皇帝何必坚持要坚持念自己”。
结果胡马雍冷冷的回了一句“契丹皇帝不在乎没有权力的阿訇念什么，只要他们顺从契丹咖啡乐皇帝就行了，印度的阿訇也一样吗”
而对外关系上，明朝闭关锁国在隆庆之前执行的非常严格，新疆乃至中亚西亚的伊斯兰思想很难影响到内地。内地穆斯林只能更多的和内地佛教儒教道教交流。因此这个时期内地穆斯林开始“四教同修”，更多的道教化和儒家化。比如清真本来是道教的观念，在明代被穆斯林吸收借鉴。
而到了明末，也就是很多自由派眼中的黄金时代，一切都变了，明朝开始南朝化。闭关锁国的封闭制度被打破，人民也可以私自结社。对外经济文化交流开始复苏。很多人津津乐道的什么徐光启翻译希腊的《几何原本》还有天主教传入中国就是在这个时代。
而在西北，南朝化社会也带了巨变。新疆的宗教首领阿帕克和卓的父亲从明末崇祯年间就开始在内地传教，最远进入到了甘肃河州（今甘肃临夏）。阿帕克和卓本人也是出生在父亲去内地传教途中，离内地最近的哈密就是他的出生地。
而这一巨变在明末隐而未发，因为明朝灭亡后。满清摧毁了明末的南朝化社会。重新让中国回到了北朝化社会的时代。因此伊斯兰教苏菲教派虽然传入内地，但影响还没有爆发。
而在乾隆时期，满清也缓缓进入到了“南朝化社会”，乾隆时期东南沿海鸦片已经大量输入，甚至出现了熬烟制烟的家族。内地白莲教天地会等私人结社组织也不断出现。乾隆年间就已经出现了台湾天地会林爽文起义，山东白莲教王伦起义。
而在西北则表现为新疆中亚的伊斯兰教思想进一步传入，在乾隆年间就已经爆发了苏四十三之变。可以说鸦片战争和太平天国虽然爆发于道光时期，但在乾隆时期就已经埋下伏笔。而西北伊斯兰之变，明末已经有根苗，到乾隆时期已经小爆发过了。
这不能不说是南朝化社会和北朝化社会的利弊所在，北朝化社会虽然人民生活辛苦，可未必不是安稳之世。南朝化社会比如明朝万历时期，满清乾隆时期看似繁华，其实何尝不是烈火烹油呢？
第二点，是扩张型社会好，还是内卷型社会好？扩张意味着危险，可它也避免了内部矛盾，弃地内卷看似避免对外的危险，可迟早也会让内部矛盾爆发。
具体来说，汉和回很多时候并不是竞争关系，相反是合作关系。回族很多时候都是汉人扩张的帮手。在明朝汉人处于一个强大的扩张的时代，元末的中国，特别是北方，实际上民族格外复杂，不但有穆斯林也有基督徒和犹太人。在明代回是汉扩张的帮手，正是通过回族的打击和帮助，汉人才基本摧毁了蒙古人留下的基督教犹太教势力，把他们强迫并入回族或者是汉族（比如湖南回鹘人其实是信基督教的高昌回鹘，后来被明朝编入回教教坊管理）
而在满清时代，汉和回实际上都处于被满蒙压制的状态，一方面基督教犹太教势力在明朝已经被摧毁。汉回两族共同敌人已经不存在，另一方面汉和回都被禁止进入东北内蒙古，并且只允许在北疆活动，除了军人商人一般人不准进入南疆。
而对外扩张势力被阻止，共同敌人也消失。内部爆发也就是不可避免的了。
而同治之后的清末乃至民国，又是汉人当权，汉人得以自由进入东北内蒙古和新疆。汉和回又恢复到了明代那种合作关系。马鸿宾将军平定蒙古人达尔六吉恢复满清的叛乱，马仲英将军平定和田泛突厥叛乱，维护祖国统一，这也是外扩有路，内部矛盾被缓解的结果。
因此什么样的社会是好社会？我们不要妄下定论，任何社会都有利弊。