明朝时的穆斯林全部为格底目派，其经济基础是卫所制下的色目军户。一切的待遇都来源于政治身份，其立场当然和其他汉蒙军户一样。只要官府不拿民族和宗教找事，一个以军户为主的群体即便爆发矛盾，也一定是集中在土地分配、军人待遇、官兵地位的差异上，不可能是民族和宗教。
哪怕到了明末最烂的时候，明朝也是平等地祸害所有穷人。回族农民军和汉族农民军是一样的社会地位，一样的经济基础，受一样的压迫，有一样的敌人，而且他们原本就长期通婚，血脉相连，结果当然是合流，对陕西的地域认同远高于其他认同。
清军入关之后，陕西回族将领米喇印、丁国栋因反对剃发令，响应汉族将领王永强发动起义。在战争中，清军对陕西汉回军民进行了持续多年的大屠杀。
陕西格底目派人口锐减，其生活的基础卫所制也不存在了，这就为其他教派的传入创造了条件。更为致命的是，清朝砸碎了明朝的制度，却建不起新的基层秩序，根本恢复不了朱元璋时期那种严格的卫所制对基层的控制力。论能力，差着十万八千里；论身份，有侵略者buff；论客观条件，此时陕西人口就算被清朝屠杀过，也远多于明初。所以清朝根本管不了。
清朝的解决办法是：只要思想肯滑坡，办法总比困难多。既然管不了，那就干脆不管了。顺朝在陕西采取的是均田政策，要建立以小地主和自耕农为主的社会。清朝为了对抗顺朝，便反其道而行之，支持那些在明末就应该被扫进历史垃圾堆的大豪绅，支持他们去当还乡团，抢夺农民的土地。
于是，清朝治下的陕甘地区是标准的封建国家。县城是大清朝的王土，到了农村，就是一个个豪绅的小封国。基层的各种权力，都掌握在了这些铁打的老爷手中。
这种官府除了要钱屁都不管的局面，赶上各种教派从中亚传入，两者一结合，就出现了把持基层的门宦势力。尤其是清朝消灭准噶尔后，准噶尔由于屠杀和瘟疫人口锐减，西域的黄绿平衡被打破，陕甘宗教问题进一步严重。
要说清朝完全屁都不管，也是不对的，他们还得里挑外撅地找事呢。不挑唆挑唆汉人和回人的矛盾，他们联合起来剪辫子怎么办？所以清朝的民族政策是“汉强则助汉以杀回，回强则助回以杀汉，民不聊生，人心思乱”。
这种模式下，赶上一个土地、水源、燃料都严重不足，清朝统治又衰落的年代，不乱才有鬼呢。