古代和现代（如纳粹德国）专制，无不通过愚民、弱民来维持其统治。
专制，有反科学的天然基因。
科学的核心是：知识+逻辑+批判性。
而专制往往意味着绝对的等级、绝对的服从、绝对的极权【注1】，这些东西与“批判性”和“逻辑”天然违背。
而且，专制的另一个特征是，暴民主义。他们压迫社会上的绝大多数，但又煽动（洗脑）社会上的绝大多数来拱卫统治。而专制下，社会上的绝大多数，一般都是不具批判性和逻辑能力的。如果出现迫害科学家的事，这些人要么沉默不(敢)语，要么欢呼雀跃。
专制一旦建立，很难从内部打破，一般只能从外部攻破。随着专制格局的“完善”、压制的一步步加深，反抗的思想力量很难从内部形成合力。至多是一种专制推翻另一种专制。
西方为什么能发展出科学？根源不在近几百年，而在古希腊（或更早）。很多事情，一开始就注定了。西方在古希腊其实就为科学播下了种子。在古希腊就出现了城邦国家共和制。相比于专制，（民主）共和制，对人性的压制是小的，能够一定程度上解放人性，发展出多样化的知识，自然也客观上鼓励了科学（家）。这种制度上的优势，直接引导了西方后世的发展。文艺复兴之所以要打着“复兴”的旗号，就是看中古希腊罗马对人性的压制远没有中世纪那么厉害。【注意：中世纪迫害科学家绝不手软。】
实际上，人类发展史上，民主共和才是最本初的生存模式（政治模式）。随着人类的发展，大小国家的形成，人类在“专制”的道路快速狂奔。越早进入专制的国家，越惨。因为，专制越早确立，越根深蒂固，越难以破除。
亚洲地区是形成面积广阔的专制大一统政权非常早的区域，幅员辽阔的波斯帝国（今伊朗）公元前6世纪就建立了，其领土西至地中海沿岸，东至今天的印度和中国西界以西不远地区；而东亚前3世纪就形成高度极权、高度统一的国家【注2】【注3】。某种程度上，这也有点不幸。从此以后，再也没有思想的百花齐放，再也没有“百家争鸣”。从此，专制在东亚持续了2000多年。
西方也差点在专制道路上一去不复返，但好在他们幼年时期，有过相当长的共和制时期，算是一种基于“民主共和”记忆的“觉醒”和“迷途知返”（文艺复兴）。其他国家，就没有这么幸运了。文艺复兴为什么起源于意大利？除了其他的因素，一个重要因素是意大利有古希腊古罗马的“民主共和”古老记忆。被专制桎梏的他们向往古希腊，就类似古代中国人向往周代一样。【注意：周制，跟古希腊的共和，有明显区别】
此外，促使西方，普遍性回到“民主共和”的一个客观现实是，欧洲没有形成一个一统欧洲大陆的大版图的专制政权，而是各种小国家，相互联合、竞争、争斗。这种客观现实，极大地阻碍了专制的大范围根植，进一步扩张。各种小国的存在，客观上有利于不同政治制度竞争。小国寡民，相对也更容易实现民主共和化，或被民主共和化。
我们被教导，社会的演变遵循从低级到高级的顺序：奴隶社会——封建社会——资本主义社会.....。这有误导性。社会“发展”很可能不是这种线性。时间的先后，并不意味着是一种“演变”关系。资本主义，本身并不是“演变”字中世纪的封建专制。就像今天美国的制度，也并不是从印第安部落社会“演变”来的一样。就像阿富汗的塔塔专制，并不是从之前的共和制度演变来的一样，而是一种倒退；他日，若阿富汗有幸重归民主共和，这种民主共和也不是塔塔专制演变而成的。
【注1】：阿仑特 在《极权主义的起源》认为“专制主义”和“极权主义”有不同。但实际上二者有很大程度的共生性。
【注2】：秦制，究竟是自己独立发展出来的，还是受西边的中亚国家的影响而形成的，实际是可以讨论的。波斯帝国，离中国（“秦国”当时位于周朝最西端，可以直接垄断与中亚的政治经济文化交流）并不远，这种制度的影响，是极为可能。
【注3】实际上，中亚稍大面积的专制集权国家还可更早。
【注4】：本文回答的原题是“为什么专制国家那么喜欢迫害科学家，而民主国家却相反？”题主后来更改了题目。