点两句吧。
第一，你为啥患得患失，那是因为你想的太多，你可能想到要跟她长长久久，组建家庭，生儿育女，承担责任，那么她“有跑友”“略为开放”这种特质，会增大亲子不确定性。众所周知，亲子不确定性是男性最大的恐惧，这自然会让你不爽，焦虑。这种焦虑源自于本能，在理性上欺骗自己，表面上有用，实际上那根刺一直都在。
实际上你根本没必要想太多，你就用恋爱的心态跟她相处，看她对你的爱意，看她对你的付出，看三观，看双方的互动，一旦让你警惕，不爽，痛苦的要素过多，赶紧抽身离开。如果一切都好，把这个恋爱的时间拉长到三五年，基本可以确定是否合适走入长期关系。当然，双方都要付出时间成本，但这是必要的，原因下面会讲。反而着急忙慌进入婚姻不是必要的。
说句极端的，你只有跟她在一起能体验到轻松快乐，你们才适合长久在一起。所以你不妨以跑友心态跟她相处——身份不重要，心态才重要。
第二，这个跑友给你一种威胁感，你的感觉没错。跑友或许掌握了她身体的某种开关，能让她感觉快乐。这种快乐是源自本能的快乐，用她的话说，她理性上觉得跟跑友在一起不好，但见面了又会感觉快乐，最后一次见面还带到自己家。这种源自本能的快乐，是不可能禁绝的，只要她的动物性还在，下回见面，她还是会开心，还是会情不自禁。但她也觉得本能的快乐太low，希望追求更好的自己。题主就代表了她追求更好自我的努力，对题主的喜欢也不能说是假的。
从某种意义上看，跑友代表了她的本我，题主代表了她的超我，跑友代表了欲，题主代表了灵。这都没问题。但人不可能一直都追求超我，总有一段时间是本能欲望占上风的。更可怕的是，如果题主你想跟她结婚，婚后生活是有很多琐碎和不堪的，尤其是生孩子后，人很难再保持对超我的纯粹追求。如果结婚，我敢说80%以上的概率她会出轨，追求欲的一面。
针对这条，两个建议。一个是题主要去占据她“欲”的生态位，争取既是伴侣，又是肉体伙伴，这样她摇摆的时候不用找别人。题主需要自己身体棒，又要玩的开。
第二个就是拉长考察期。看看她追求超我疲累后的反映。人总有回归本能的时间点，如果她道德感强，回归本能后用合理方式发泄欲望，不再出轨，还可考虑结婚。如果她在某个时间点又故态复萌，完事后又痛哭流涕求原谅，那就算了，她只配得上短期关系。
最后，人当善良。即使她陷入本能欲望，那也是人的动物性导致的，感恩在一起的时光，和平分手，互相祝福，不要去伤害她。或许未来她会找到一个灵欲合一的人，只是这个角色不是你。