两个原因吧。
首先晋书编撰时间短，有的地方的确失察。
第二就有趣了。蒲松龄可以借鬼神喻今，晋人当然也行。房玄龄、褚遂良、许敬宗没空去分辨，述而不作让人自己去发掘乐趣。因为太过隐晦，基础不够的看不明白，只当聊斋处理。
举个例子实操。
鲲以时方多故，乃谢病 去职，避地于豫章。尝行经空亭中夜宿，此亭旧每杀人。将晓，有黄衣人呼鲲字令开户，鲲憺然无惧色，便于窗中度手牵之，胛断，视之，鹿也，寻血获焉。尔后此 亭无复妖怪。
谢鲲传这一段记载就是典型，借鬼神说出了王导王敦实现“王与马，共天下”的关键布局。
这是谢鲲南渡豫章的时候发生的事情。这个亭不是路边凉亭，而是城下都亭，卫戍办公设卡的地方。司马相如去临邛勾搭下寡妇，住的是都亭；李广宵禁进不了城，就被霸陵尉安排住在霸陵都亭。
“此亭旧每杀人”，豫章都亭有杀人传闻，因此没人敢在那里过夜。这句话有隐藏含义——豫章都亭跟兰若寺一样，过夜必死绝。这个事情豫章人肯定是知道的，那么死的都是什么人？当然是带了金银细软衣冠南渡的外来户。很不巧，谢鲲此时就是这个外来户，只有他才敢住豫章都亭。
“将晓，有黄衣人呼鲲字令开户”，快天亮的时候，杀人的来了。一个黄衣人呼唤谢鲲的字“幼舆”，让他开门。都亭杀人的黄衣人不但认识谢鲲，而且还很熟。
直接快进到结局。据唯一当事人谢鲲陈述，豫章都亭有鹿妖杀人。是他仗义除妖，并且交出一只鹿蹄作为证据，从此以后豫章都亭再也没有妖怪杀人。
文字之外还有历史背景和人物背景的隐藏信息，凑一起就能拼出脉络。
谢鲲去豫章不光是南渡避难，而是受好友王敦征辟，到豫章担任长史。这件事情发生在永嘉五年。
永嘉末年的南渡士人位望，大致有这么几个层级。最高的当然是中兴第一名士王承。本传说王导、卫玠、周顗、庾亮都是受他征辟。而且王承除了是“人伦之表”、太原王氏长辈之外，更带了东海郡百姓一起南渡。无论是资历、门楣，还是实力，都是当时翘楚。不要说其他人，即便王衍南渡，谁是第一都还说不准。
王承之下，就是王衍安排的几支伏笔。王衍的狡兔三窟，安排王澄领荆州，王敦领扬州，其中最重要的就是王澄。他除了是王衍的弟弟，还是一世龙门里面着力打造的天下大中正。在九品中正制里，王澄的品评可以跨越各州，拥有天下通用的效力。王敦在王衍四友里面并不出众，安排他去扬州，纯粹是看在自家堂弟的血缘关系。王衍四友还有三位，没有南渡的庾敳把希望全部寄托庾亮；阮修就在永嘉五年死在南渡半道上；只有谢鲲受邀南渡。
谢鲲是王衍四友里面最特殊的存在。原本四友就包含亦师亦友意味，谢鲲可以在某种程度代表王衍。比如长沙王乂执政时期，怀疑洛阳城里有内鬼，甚至直接怀疑那内鬼不是王衍就是乐广。长沙王乂敲打王衍，就是通过威胁谢鲲。后来东海王越执政，还是通过羞辱谢鲲敲打王衍。
因此，此时南渡士人的位望，王承之下肯定是王澄，接下来王敦和谢鲲大致相当。王导暂时还是个后起之秀，分量不够。
豫章是王敦的大本营。是王敦征辟好友谢鲲为长史。有人在豫章都亭截杀南渡百姓。截杀百姓的人认识谢鲲。经谢鲲除妖并且留任长史之后，豫章没人再杀害百姓。
所以很明显，鹿妖就是个背黑锅的幌子，谢鲲编了个段子遮掩。
那么问题来了，谢鲲有什么本钱跟对方谈判封刀？当然不可能凭他一身正气。
因为很快，在永嘉六年又发生了这么件事情。
最有希望登基的琅琊王睿召荆州刺史王澄东下建康辅政。因为王承身体不好，活不了几年了。以王澄的位望，此时一旦东下就必然是首辅。
王导一早给王敦写了信——干掉王澄，绝不能让他东下。
从荆州到建康，豫章根本不在必经之路上。王澄瞧不上王敦，他也知道王敦看自己不顺眼，根本不可能去豫章。
永嘉四年，卫玠南渡到了荆州。
卫玠和谢鲲是好友。
建康有人以王承的名义征辟卫玠。
王敦带着谢鲲半道迎接卫玠。他乡遇故知，卫玠和谢鲲畅谈通宵。王敦陪了个通宵，结果卫玠看都没看他一眼。第二天王敦邀请卫玠绕道去豫章做客，让谢鲲作陪。
卫玠论道，平子三绝道。王澄是卫玠铁粉。于是他在这一年东下路上也莫名其妙绕道去了豫章。
王澄被杀。
卫玠进建康时重病，相传是看杀璧人。
出殡的时候谢鲲痛哭。之后王敦把他死死绑定在豫章长史的位子上，不用不放，谢鲲只剩放达。后来王敦第二次造反之前，谢鲲暴毙。
王敦得到荆州刺史，王导得到扬州执政。对于三个位望不逊于自己的隐患，两兄弟同时消弭王澄、卫玠，控制住谢鲲。
这时候再退回去看永嘉五年谢鲲初到豫章碰上的都亭杀人事件，你觉得这只是单纯的东晋兰若寺？