除却其他回答中指出的奥本海默为科研人员而非决策者的原因外，还有美国当局并不希望彻底毁灭日本，以及不能让日本彻底破罐子破摔、扶植傀儡政权的需要
换作你是杜鲁门，1945年的亚洲，尽管日本法西斯在节节败退，但所谓的西方秩序也在崩塌，东南亚、南亚等国家趁着闹独立，共产主义实力也逐步增强，尤其在东亚，必须寻找出一个桥头堡以遏制苏联。中国？在缅甸远征，对华军援等系列行动中，美国外派驻华人员对蒋介石政府的各种非现代主义作风感到不适，马歇尔等高级官员甚至对国民党政府在华的统治前途表示担忧。此时的苏联正准备进驻东北，美国也无落脚之处，所以对日本需要有所保留
第二点，倘若直接把日本首都，及附近的东京湾炸掉，日本当局会认为最大的损失已经生成，其后的核打击损失只会小于东京，后续的核威胁效力也不大了；从核打击实际效果来说，广岛和长崎的城市规模不及东京，核打击实际效果的震撼程度高于东京，更能够威胁日本当局
第三点，美方更愿意建立傀儡政权，如果一个核弹下去，驻东京的所有日本政府部门，天皇都化成灰了，日本战后秩序