听党委的。我大致归纳一下，如果没有原则上的分歧，一般都是听军事主官的，但存在分歧时，听党委的。但军队的“政委”似乎并没有地方的“书记”一样，手里握着三张票，军队的“政委”只有一张票，而且军事主官的那张票似乎权重更高。
