如何理解顺式作用元件、反式作用因子中的“顺式”“反式”？

这个概念其实很简单，和什么DNA到蛋白质还是蛋白质到DNA的方向没有任何关系。要想真正完全理解这个概念，请耐心看完：

顺式（cis-）和 反式（trans-）是一对适用范围非常广的概念。它们本源的意思就是表示物理位置上的“同一边（同）” 和“另一边（异）”。

基于这个概念，引申到化学的同分异构体里就是原子或基团在“同侧”还是“异侧”。

在顺式作用元件和反式作用因子，表示的是“同分子”和“不同分子”。被调控对象是基因，要以基因的视角来理解这个问题。基因是一段DNA序列，同一个（种）分子内的调控元件就是顺式元件，所以promoter、enhancer这种都是顺式元件。而转录因子是蛋白，和基因不相同的一个（种）分子，就叫做反式因子。

比如RNA的剪接有顺式剪接和反式剪接的概念。顺式剪接是把同一个pre-mRNA的外显子剪接到一起，而反式剪接是把两个不同pre-mRNA的外显子剪接到一起。

类似的还有单倍型中遗传变异的顺式和反式关系。