这个概念其实很简单，和什么DNA到蛋白质还是蛋白质到DNA的方向没有任何关系。要想真正完全理解这个概念，请耐心看完：

顺式（cis-）和 反式（trans-）是一对适用范围非常广的概念。它们本源的意思就是表示物理位置上的“同一边（同）” 和“另一边（异）”。

基于这个概念，引申到化学的同分异构体里就是原子或基团在“同侧”还是“异侧”。

在顺式作用元件和反式作用因子，表示的是“同分子”和“不同分子”。被调控对象是基因，要以基因的视角来理解这个问题。基因是一段DNA序列，同一个（种）分子内的调控元件就是顺式元件，所以promoter、enhancer这种都是顺式元件。而转录因子是蛋白，和基因不相同的一个（种）分子，就叫做反式因子。

比如RNA的剪接有顺式剪接和反式剪接的概念。顺式剪接是把同一个pre-mRNA的外显子剪接到一起，而反式剪接是把两个不同pre-mRNA的外显子剪接到一起。

类似的还有单倍型中遗传变异的顺式和反式关系。

这都是一个好远古的概念了用的越来越少

顺式是从DNA到蛋白质，所以DNA上面的各种区域包括各种转录因子的结合区啊转录起始位点啊，被称为顺式作用元件

所以反式就是从蛋白质到DNA，就是转录因子啊之类的能够结合到DNA上面的小玩意

杨荣武生化原理上感觉也没展开讲。搜了下，理解如下：

“顺式元件”与被调控基因在同一条DNA上的特定序列。包括 启动子、调控序列、增强子和沉默子

“反式因子”主要是些调节基因表达的蛋白(应该还包括RNA、RNP之类的因子)，这些蛋白的基因与顺式元件不在同一DNA上

顺反的区别关键点应该在于，是否位于同一条DNA分子上，因为只要在同一条DNA分子上，顺式元件调控得到的产物(蛋白等)就可以通过顺式元件调控自身份表达，那它就应该是顺式因子了。而不在同一DNA分子上，它就只能调控其它(非自身)基因的表达，所以称反式。

==============补充

可辅助理解的方式：与“几何异构”类比

几何异构中“顺，同侧；反，不同测”

此处“顺，同条DNA；反，不同条DNA”

觉得这条答案还是不够流畅，望有人给出更好的答案吧…

这个问题问的太好了，我也不知道，当时学的时候我也很好奇且听后面的知友回答