自指(Self-reference)是否否定了真正科学的存在性？

首先需要明确一下你所说的真正的形而上学的科学的定义是什么，需要包罗万象的一个体系吗？如果是这样的话，那么目前所有的理论，估计以后所有的理论，都不能满足这一点。不用怀疑，即使是所谓的万有理论真的能够建立起来，它也会发现有自己不能解释的现象。

目前我们对于科学的定义和要求是能够描述观察到的现象，并且以可接受的精度给出我们感兴趣的问题的预测。只要能满足这些，我们就认为这个理论是科学的。比如，牛顿力学虽然是相对论力学的低速近似，但是在我们日常的场景下足够满足要求了，我们任然认为牛顿力学是一个科学的理论。

另外，相对论力学和量子力学的假设基础都是冲突的，但是他们在各自的应用领域都有足够好的描述精度与预测精度，我们认为这两个理论都是科学的。

哥德尔的不完备定理只是指出在一个形式系统中总会遇到不可判定的真命题，在物理理论中指的就是无法用现有理论描述的现象。一般来说，我们可以推过修改假设，或者建立新的假设来描述这个现象。这种操作和形式系统的扩充是一回事儿（增加假设）。

另外不完毕定理所担心的系统相容性不能在系统内部证明这件事，到目前为止貌似还没有在任何一个系统中发现推导出了相互矛盾的命题，这能先当作一个隐忧了。