汉语拼音能表示所有普通话中的音。
概括
（问题：拼音真的能覆盖所有汉字吗？）
题主这种问法是极不严谨的。拼音？什么拼音？世界上的拼音多了去了，IPA音标、威妥玛拼音、邮政式拼音、国语罗马字、八思巴字、粤语拼音、日语罗马字、朝鲜谚文、越南国语字……这些又何尝不是拼音呢？在中国大陆日常使用的拼音叫汉语拼音。什么叫覆盖所有汉字？拼音是音，汉字是字，它们怎么联系到一起？应该是：汉语拼音真的能覆盖所有普通话的音吗？以下就按这个问题回答。
能否标出方言不好说，比如粤语的九个声调肯定标不出来。方言可以根据方言发音特点，采用拉丁字母或其他符号，创造自己的拼音。
所有说“拼音一样但是念出来不一样”的人，都是把自己方言的习惯带到普通话里了。只要拼音一样，在普通话里就是一个音。只有普通话里读音一样，才会用相同的拼音标注。
下面对几个问题详细分析。
尖团音、女国音、团音腭化
尖团音
有些回答说精和经之类的，这是尖团音问题。
【尖团音】jiāntuányīn 尖音和团音。尖音指声母z、c、s同i、ü或i、ü开头的韵母相拼；团音指声母j、q、x同i、ü或i、ü开头的韵母相拼。普通话已经没有尖音、团音的分别，但在某些方言中，在京剧的念唱中，仍然有尖音、团音之别。
——《现代汉语规范词典》
什么是尖音？什么是团音？简而言之，zcs接i或ü就是尖音，jqx/gkh接i或ü就是团音。
注意这里不包括整体认读音节的zi ci si，这个具体是什么尚无定论，一般说它们韵母叫舌尖元音/ɿ/（平舌）/ʅ/（卷舌），总之这个元音不是真正的i，和尖团音问题无关。
jqx和gkh的区别稍后再说。
首先要明确，尖团音问题不能说明汉语拼音不能表示“普通话”中的某些音。就算哪天普通话区分尖团音了，汉语拼音也能标出来。
完全可以像《现代汉语词典》介绍尖团音那样，直接采用像ziān ciān siān这样的拼写来表示尖音。比如精标为zīng，经标为jīng。汉语拼音里没有zcs不能和i ü拼的规则，只是标准普通话里这么拼的音本被改成jqx了，所以汉语拼音里没有这样的音节，但是汉语拼音能给你拼出来。（至于原来的zi ci si，参考台湾的通用拼音，连着zhi chi shi ri七个一起在i后面加个h，表示这不是真正的i）
普通话里不区分尖团音，尖音一律读成团音，没有尖音。比如精读成经。
女国音
有人说甚至在新闻联播里都听到尖音了，这是一种语音演变倾向，有时被叫作“女国音”。
所谓女国音，就是把尖团音一律读成尖音。
注意女国音不是恢复尖团对立，因为女国音不但把尖音读成尖音了，而且把团音也读成尖音了。
目前女国音是错误读法，将来能不能成为规范那另说。
那为什么有人会觉得某些主持人会区分尖团音呢？有两种可能。
主持人发音不规范说了女国音，在方言区分尖团音的地区，他们自然会关注把尖音读成尖音，而不会关注把团音读成尖音。
主持人的方言分尖团音，他把这个习惯带到普通话里了。
要知道，方言不分尖团音的人很难听出来尖团音的区别。
尖团音对立远不止上述那几个，觉得两个字拼音一样，声母是jqx，发音不同，基本就是尖团音对立。
团音腭化
最早的团音声母不是jqx和i ü拼，而是gkh和i ü拼。
但是gkh和i ü拼读起来别扭（比如不少人把字母Q读作qiu，就是因为kiu这个音相对难发），于是逐渐演化为jqx。这个演变叫腭化。
腭化后的团音就和尖音有些像了，所以后来在一些方言里就不再区分，普通话也不再区分尖团音，而一律改读腭化的团音。（在我的耳朵里，未腭化的团音和腭化的团音区别不小，腭化的团音和尖音没什么区别）
所以有人说拼音里没有读kiu读king的字，那是因为改成qiu和qing了，普通话就不允许gkh和i ü拼。
回答题主
题主所谓的“区分同音字“毫无道理。
汉语拼音是给汉字标音方便认读的，同音字当然要标一样的音，不然还能叫同音字吗？
如果要用拉丁字母书写汉语，区分同音字倒是很有必要。可汉语拼音不是干这个用的。
汉语（普通话）同音字多这事可赖不到汉语拼音头上。普通话的前身叫新国音，民国时期就有了。汉语拼音则是新中国才有的。如果非要给普通话同音字多找个理由，可以赖汉字。
再解释一下题主提出的“的地得”。
所谓的地得，是新文化运动时期的产物。口语中有个助词轻声de，新文化运动推广白话文，要用别的字代替文言文的“之乎者也”。
题外话：口语里的de，来自之的古音。
之的助词用法就给了de。
那么用谁来表示这个音呢？给之加个de的音？当时确实有人看到之当助词就念de。但在当时，写作用“之”本身就是旧。写之读de不能成为标准。
于是就给读di的“的地底”和读de的“得”都加了个轻声de的音。的用于定中，地用于状中，得用于补语，底用于从句。
后来把底删了，并入的地得。但是现在仍能在民国时期的文章里见到底，个人建议读轻声de。
那区分的地得有必要吗？意义不大。本来这就是口语词，新文化运动书面化才给分成一堆，老百姓唠嗑全读de，影响老百姓交流了？
至于有人说“我在他的地得到了一件宝贝”一类的东西，以此说明的地得不能合并，这简直是天大的笑话。在这句话里，地和得都不读de，合并的地得，是说地和得读de时写成的，不是说凡是地和得都要写成的。即使的地得合并了，这句话照样写成“我在他的地得到了一件宝贝”。
“二”真的是èr吗？
二确实有两个读法，可以听听新闻联播和海峡两岸，感受一下。大陆读法确实韵母不是er像er，台湾读法真的就是四声的er。（只是说主持人读法，实际大陆也有像台湾主持人那么读的，台湾也有像大陆主持人那么读的）
此处可以强行解释，er读四声变音，或者说借用èr来表示二的音。
反正无论是哪的普通话，都不会出现二和真正èr的对立。记作èr虽然韵母不太像儿尔而这样字，但也是保证了一音一拼法，一拼法一音。
“嗯”怎么标音？
嗯是记录口语里特殊读音用的字。
《新华字典》和《现代汉语词典》的写法是嗯视情况标为n或ng，声调标在n上，ń ň ǹ分别是ńg ňg ǹg的又音。
《现代汉语规范词典》认为，拼音连aoeiuü都没了，成何体统？《现代汉语规范词典》给嗯标的音是éng ěng èng，不承认前鼻音。
台湾则标为轻声en，注音写作ㄣ˙。
输入法打en和ng都能打出来，eng一般只能打出鞥（读ēng，马疆绳，和小学念拼音ang eng ing ong时发的音一样）。
不管怎么标，总算是写出来了。
个人认为，嗯和恩、鞥的音均不同，为确保“一音一拼法”“一拼法一音”，还是根据实际情况写成n或ng最好。口语里这个字真的可以没有e，只有鼻音。
注意《现代汉语规范词典》虽然叫规范，但它不是规范。《新华字典》和《现代汉语词典》才是真正的国家规范。
类似的还有个呣。《新华字典》和《现代汉语词典》标为ḿ和m̀，《现代汉语规范词典》未收。输入法一般能用mu打出来。
其实嗯和呣都是记录口语用的字，并不会在书面语里使用。
“风”“梦”的韵母是ong吗？
汉语拼音记录普通话标准，普通话标准中这两个字的韵母确实是eng。
但是有些方言中，这两个字的韵母是ong。有些歌手也会这么读。
用mòng fōng标记它们在方言里的发音没有问题。但这不是普通话。
ong和ung，ao和au
在注音方案中，ong这个音写作ㄨㄥ，ㄨ就是u，ㄥ就是eng，按理说就应该写ung。
但汉语拼音方案用的是ong而不是ung。
具体原因，ueng单独出现就是weng，它的音和ong实际上略有区别。因此区分开写。weng/wəŋ/ ong/ʊŋ/
但是ung这个写法也有合理性。一是这个音确实有类似u的音，二是继承注音写法。当然，o在汉语拼音里算是万能字母，变音一大堆。
另外就是ㄩㄥ (üeng) 写作iong，大概是考虑到少写ü，而ü时常写作yu，ueng就是ong，所以就成yong了，前面加上声母就是iong。
ong和iong大概是汉语拼音和注音差别最大的地方了。
至于ㄠ/aʊ/写成ao而不是欧洲更常见的记法au，大约是考虑到连笔时au和an易混淆。实际看来写成au更合理，因为现在很少有人用连笔字写汉语拼音。