那你可以参考一下俄罗斯罗曼诺夫王朝。
四等人制度的废除与八旗制度的建立
元朝统治结束以后就是满清，然后满清可能会废除了四等人制度，改为八旗制度。这样一来，南漢和北漢的矛盾与裂痕或许会得到一定程度的缓解，都是奴才也别分二等三等了。
之所以废除四等人改为八旗制度，是因为蒙元打天下主要依靠的是漢人世侯，所以给予了他们很多特权。最先被征服的民族，蒙古可汗会给他们一些权利，让他们帮助可汗管理被征服地区，同时为可汗征服其他地区，而在这些仆从军征服其他地区以后，可汗也会让他们留在当地继续享有特权作为鼓励，这种先被征服者有特权的制度便是四等人制的由来。也正是因为这种制度，使得被蒙古征服的地区都迫不及待的想征服其他地区，好让自己摆脱最低等的存在，这也是蒙古帝国之所以能扩张那么快的一个原因。但从另外一个角度来看，蒙古帝国未尝也不是被这些被征服民族推着征服其他地区的，一旦他们扩展到了他们的边界，那么往往就意味着他们衰退的开始。
而且不仅仅蒙元有四等人，在波斯的伊尔汗国也有，不过漢人在伊尔汗国成了二等人，仅次于蒙古，原先的波斯人则成为了三等人。
八藩之乱
严格来说，蒙元朝廷还是一个典型的游牧民族的朝廷，所以没有建立一个体系将被征服民族吸纳进来，在满清，这个体系就是八旗，在奥斯曼帝国，这个体系是米勒特。有这种各民族都可以加入的体系才可以维持其长久统治。没有这种体系的话，那么各地豪强自然就只能手握兵权财权不放了，你现在拉拢我是因为我有钱有兵，那我没钱没兵了你岂不是要把我一脚踢开？在这样的情况下，各地漢人豪强的独立自主性很强，差不多个个都是吴三桂那种人。满清自然会吸取蒙元因为豪强而亡的教训，在打天下以后势必会采取各种手段，将各地漢人豪强削弱乃至消灭，同时利用八旗体系来笼络一部分漢人豪强，最终将他们改造成旗民二元制的社会，当然，满洲八旗绝对是占据主导地位的。
当然，这个过程是很困难和曲折的，一不小心就会翻车的。满清入关之所以才封了三个汉人王，是因为那时候明朝，因为中央集权的缘故，使得整个国家差不多算得上是一盘散沙，所以才那么容易被满清夺取天下，但即使是这样，面对福建郑家和大西，这两个有实力的割据政权的时候，满清打得仍然十分艰难，最后还是得靠三藩把他们打下来。倘若没有郑家和大西的话，那么那三个人多半也不会封王的，更不可能让他们独占一省。
但是元末差不多全国都是割据军阀。如果满清入关面对的是这种情况，那真的是要头疼死的。上一个面对这种情况的契丹，最后选择扶植一个豪强（北漢）当傀儡，然后自己灰溜溜的走了。很显然，满清不想当第二个契丹的，那他就必须给汉人封更多的王候，最大限度的拉拢汉人豪强才可以。在这样的情况下，到时候可能就不是只有三个藩王了，搞不好会有七八个藩王。福建，广东，广西，云南，贵州，四川，江西，湖南，湖北，陕西，甘肃可能都是汉人藩王坐镇的，甚至于满清八旗自己都得和这些漢人豪强联姻才可以。再这样的背景下，贸然削藩可就不是三藩之乱了，是八藩之乱了，只有把这个处理完以后，剃发易服和文字狱才可能实施。
诸色目人
毕竟满清也是征服者王朝，所以对色目人也是会拉拢使用的，甚至可能会把他们编入八旗。历史上满清就把一部分俄罗斯人编入八旗了。这样一来，诸色目人，他们在中原的社区和习俗会得到保留，但是，要注意一点，满清不会像蒙元一样让这些人从事大范围的商业活动，更不可能允许他们到其他国家进行商贸。满清这种国家恨不得闭关锁国到完蛋，怎么会允许不受自己控制的民间力量进行对外交流呢？万一交流出什么不好的东西然后造反可怎么办？（拜上帝教）而且，这些色目人的忠心程度也得打个问号，他们大都是见钱眼开，见利忘义的家伙，所以走私商品给北元汗廷，出卖情报给蒙古人，大规模无节制放高利贷导致民众起义，和不同地区的色目人串联意图谋反等等事情他们多半都干得出来。因此，满清对色目人的态度应该是一种边拉边打的情况，利用色目人监视漢官，经营生意，而且，色目人很适合用来充当满城和周围漢人之间沟通的一个通道，满清朝廷是不希望满城八旗和周围漢人有什么交集的，所以依靠色目人来与周围漢人进行交流贸易会成为他们的常态。
另外一方面，严厉限制色目人的出行和聚集，对边疆地区的贸易，例如对蒙古贸易不会让他们插手而是让相对可靠的晋商等皇商进行。不过，根据二鬼子比鬼子更可恶的原则，这些色目人在后面八藩之乱和大规模起义中，都会是首要消灭屠杀的对象，满城好歹有坚城保护，这些借着满城八旗作威作福的色目人可什么都没有！所以这种起义多来几次，中原的色目人数量会大大减少。
北元汗庭
我其实不认为满清可以解决北元汗庭，原因在于，北元汗比本位面满清面对的林丹汗要强太多了。满清能当上蒙古大汗，一方面是干掉林丹汗以后获得的蒙古法统，另一方面则是因为他控制了雪域高原，利用大和尚给蒙古部落施加影响。但在14世纪，这些都不具备，雪域教廷对蒙古部落的影响力有，但根本没有那么强，当时的蒙古主要还是看库里台大会选举的，你不是黄金家族的人还想选上？笑话。当时大蒙古帝国的影响力还存在，所以不是黄金家族的人很难当上蒙古大汗。当年土木堡之变的也先太师为什么只是个太师，不是蒙古大汗，就是因为他不是黄金家族的人，是卫特拉人，所以只能当太师，当不了大汗。至于为什么也先可以取代黄金家族崛起，这就得问朱棣了。
而且，本身满清可以彻底击败准噶尔汗，也是靠了两点，一是耐寒耐旱作物的传入，使得准噶尔开始趋向定居化，不仅在准噶尔盆地是这样，在漠北草原也出现了这种情况。定居化的部落比完全游牧的部落好控制吧！二是俄罗斯帝国的崛起，以釜底抽薪的形式，断绝了蒙古人逃亡西伯利亚和中亚的道路。哈萨克斯坦，布里亚特，西伯利亚汗国等游牧汗国均被其所控制。难道蒙古人不想当清廷的奴才，然后会愿意跑去当沙皇的奴才吗？三是火药火炮技术的不断改进，使得游牧民族越来越难以制作，即使制作了，产量也不高，很难和农耕地区抗衡。不过要注意的是，如果游牧汗国得到了充分的火器供应，那么他们的战斗力是很惊人的。像是奥斯曼帝国征讨维也纳，莫卧儿帝国征服印度都是如此，满清当年也是在孔有德带着火炮部队加入以后才如虎添翼的。
所以在这样的情况下，满清对蒙古会更加被动。没有法统，拉拢不了大多数蒙古人，而且火器与北元还没有明显差距，西伯利亚还是一片沃土，可以让这些蒙古人随意逃窜。而且，满清还有一个相比于明朝的劣势，他们需要防备漢人，在这样的情况下，他们很难像明朝那样全力北伐蒙古，成功了还好，万一败了，那八藩岂不是要起兵造反。康熙征蒙古都是在三藩之乱结束以后的事情。如果过了这个风口，让北元得以整合漠北和西域，卫藏三个板块，那么满清面对的会是比准噶尔更加可怕的对手。连东北龙兴之地都会暴露在北元的弯刀下。
东北问题
历史上的满清敢在东北设立柳条边，就是因为李氏朝鲜已经完全驯服，日本德川幕府闭国锁国，漠北喀尔喀蒙古不成气候的基础上的。但在14世纪，高丽王朝对辽东仍旧垂涎三尺，如果满清继续实行柳条边，那么高丽势必会不断对辽东进行渗透，同时和北元保持联系。只要满清一天没有打掉北元汗廷，那么高丽就会一直和北元勾结。高丽这关过了以后，还有丰臣秀吉呢！满清这种征服王朝，上升空间很窄的。他们所依靠的八旗在乾隆年间就已经不堪大用，当年川楚白莲教起义，乾隆都得把八旗和绿营分隔开，避免绿营看到八旗过烂生出不臣之心。而且，算算时间，这时候满清差不多已经有鸦片战争（倭寇侵扰）和太平天国运动了。所以满清怕是真的会打不过日本吧！
明朝取代清朝以后，要面临的问题有很多，无论是北元汗国还是占领朝鲜半岛并且不断往东北渗透的丰臣幕府，都是大问题。但至于把这些解决了，按照正常的发展，参考我下面的回答
假如明朝之后也是汉族王朝，那么中国能否拥有现在（960万平方公里）这样的面积? - 迷失在一六二九的回答 - 知乎 https://www.zhihu.com/question/32018994/answer/2492171889
如果李自成能够建立起一个延续200年以上的王朝，那么近代中国的情况会不会好一些？ - 迷失在一六二九的回答 - 知乎 https://www.zhihu.com/question/342093491/answer/2481971746