皇帝的想法是，你们得猜朕是什么意图，猜对了就顺着朕的意图干，猜错了你们自己背锅。整个《大明王朝1566》都在说明这种政治关系。比如改稻为桑，需要坑老百姓还是坑富商，朕不便表态，表态了就“罪在朕躬”了，你们想法子把钱找来就行。
补赵贞吉也是一样的。我要是说出口，将来赵贞吉要是不合意，我还怎么责怪你首辅徐阶？岂不是还要被你徐阶反问我是我要的人？所以还是你徐阶先把这口锅背起来再说。结果呢？徐阶不想背，张嘴直接提问，嘉靖避无可避，只好正面认可，但是很不高兴。“很聪明”意思是你猜对了，“严嵩就不会问”，意思是你看看严嵩为啥能得势那么久因为他愿意替朕背锅。
内阁怎么配，这是一个缩影，就作品来说一是侧面描述崇祯这个性格和政治手段，二是知微见著说明整个朝局坏掉的根本原因。事情最后坏到不能再坏的时候，海瑞激烈地点破这一切根源都在于你嘉靖太贪了又不担责，使用权术驱使爪牙帮你贪，揭下了嘉靖的所有伪装，让“神”暴露出了“人”的本质，把嘉靖气的一口老血。
当然作者想表达的更深层次的问题是，这种的不健康的政治关系其实又非常常见。知乎上就有一大把，“领导暗示我叫我干违法的事，我该不该办？”知乎上的回答很简单，让领导签字，或者让领导至少直接表态。当然，作为普通工作人员，这样的思路很直接，但是不经他人事，不知他人难。真正做事的人，难点难道在于不知道怎么避免坐牢吗？领导虽然没办法逼着你干，但是领导能选出那个愿意干的人来啊。奖励、晋升，我给那个愿意背锅的人好咯。可是这样时间一久，官场上不就全剩下那些愿意为领导当白手套的了？朝局，可不就坏了？
前不久我父亲的一位老同学（正厅级）被省纪委办了，公开金额也就几百万。父亲与我聊起不甚唏嘘，说都到这级别了，又不缺钱，干嘛还要参和这些事呢？几百万块，还顶不上他分的房子嘛。我说我这几年看懂了，你要是不是愿意干那些事的人，压根就放不到那个位子上。在你还是副厅的时候，正部给你使个眼色，你瞧我侄子来这里做生意了，支持不支持？支持？挺好，政绩突出，提正厅一把手。不支持？没关系，善于搞学术研究，个性严谨，发展经济的思路不开阔，去学校当边缘副厅吧。你说换你在那位子上怎么办？能怎么办？
好了，换到正厅这个角色上，你都已经替领导把手弄脏了，你还需要坚守自己的清廉吗？有意义吗？能避免坐牢吗？甚至有时候，是咱大侄子先把100万放到你面前，你明明知道100万在这盘生意里面九牛一毛微不足道，可是你收还是不收？收了，好，你是我一伙的，就可以深入合作了。不收？哦，原来你不是我一伙的……
当然，按照高翰文读的圣贤书，这钱你可以不收，生意可以不给面子，那你就按照高翰文的剧本滚蛋嘛。让个把领导滚蛋还不简单？照样是一个眼色，有的是人愿意按照我的意图写举报信。那圣贤说了你可以不当这个官嘛，“独善其身”。可是“独善其身”又有什么用？那些愿意冒点风险升迁的人有什么错？甚至个别理想信念坚定的，愿意带着污泥升上去，再多少做点对得起良心对得起百姓的事情，有什么错？你独善其身，无非是把位子让给比你更恶劣，更舍得出卖道德和百姓的人罢了，有什么用呢？
可是一旦弄脏了手，很快就模糊了道德的界限。时间久了，自己也不知道自己是谁，要干什么了。
你徐阶就能不替嘉靖捞钱了？你胡宗宪就能不向严嵩表忠心了？你戚继光就能不给张居正送钱送女人了？朝局很糟糕，根子在哪里？海瑞来揭秘，可惜没啥用。
《1566》以生动的多视角描写，揭露了政治生态建设的深层次规律，其被誉为第一政治神剧，原因就在于此。