这个问题本来是想答在评价作品的问题下，但是那里评价的是动画，以下都是针对漫画说的，所以退而求其次答在这里。
《三目童子》讲的是文明史的故事。
手冢治虫之所以拥有一个伟大作者的气量，在于他有非常强的社会责任感，同时又没有把这种责任感转化为高台教化评审一切的自大。他只是说明自己所看到的，一些世界运转的模样，把是非功过留给读者去评说。
以物种计，《三目童子》中出现了四个文明，智人的文明，三眼人的文明，长耳人的文明，以及处在觉醒初阶段的猿人的文明。以“文明”的大跨度来看待整个故事，许多道德和恩怨的框范就显得如此渺小，不值一提了。
《三目童子》的故事有恶，有爱，但没有绝对的正义。和登爱着写乐，但她被写乐的恶所吸引，是背叛人类的行为。养父看似庄重威严，其实优柔寡断，连割掉写乐三眼的决定都做不了。甚至反人类分子写乐都会记恩图报。大家的爱都是出于一己私利，非正义。在人类看来无比重要的道德品格，不过是像仰慕名人偶像光辉，无时无刻不在cosplay贝多芬的云名警官，只是惹人发笑的表演。
说来在这个故事中，代表最高权威的首脑和政客，都是受一己私利蒙蔽了眼睛，被写乐玩弄于股掌之间的小丑。扩大到人类史和世界的范围，正义本就如此微渺不值一提。
被遮住三眼的写乐，宛若在巨大古代文明废墟上幸存的原始部落，脆弱而又可怜。然而下定决心要做某件事（比如救他的动物朋友，比如保护大乃姐姐）的痴愚写乐，有时却爆发出惊人的行动力。野蛮是有望重新崛起文明的。甚至设定比人类更原始的小猿人，也在经过学习后，展现出不亚于人类的智慧。
而正如猿人一样，写乐变聪明的同时也在变邪恶。愚蠢的写乐和三眼人写乐第一次出现情感上的重合，是因为与猿人波哥产生感情联系。而写乐第一次有意借助三眼人的力量，是因为他想要拯救动物伙伴。“变聪明”的动机是“爱”，然而智慧开启潘多拉之匣的结果却是成为痴愚写乐不可理解的恶魔。拯救恐鸟最后的结局，却是恐鸟被写乐自己吃掉，这似乎是一个手冢式的黑色幽默，但也似乎不是。
人类文明真的有希望吗？写乐完全凭自己的力量，从坏人手里救了鹿圣女和日本文明遗迹，这可能是一个好兆头。文明的追回（变成三眼人）将要重蹈覆辙，而文明的重建（在痴愚写乐的基础上找到自己的解决办法）也许有望找到新路。文明毁灭又重建，写乐痴愚又变聪明，这是不是另一种形式的凤凰涅槃？
顺便跑题也许是切题：进化生物学上有一种解释有性繁殖存在的理论，叫“穆勒的棘轮”（Muller's ratchet），是遗传学家赫尔曼·穆勒（Hermann Muller）提出的。生物会不断积累基因突变，所以需要有性繁殖对基因重新洗牌，产生出“干净”的基因组。而有性繁殖的另一个结果也是死亡，生命延续的方法是产出新个体，抛弃旧个体。不断分裂的细菌和营养体生殖的植物，旧个体是不会死的。是死亡清扫了生命迎来新生。
三眼人为我们提供了一个视角，从遥远的他者身份，去审视整个文明的渺小与伟大。那些放不下的善恶恩怨，也不过是地下废墟，冢中枯骨。
是非成败，转头皆空。古今多少事，都付笑谈中。