肠道菌群对人类健康的影响是多方面的：
1. 免疫系统的调节：肠道菌群通过与宿主的长期协同进化，成为人体后天获得的重要“器官”，在物质代谢、生物屏障、免疫调控及宿主防御等方面发挥作用。肠道微生物不仅帮助人体从食物中吸收营养，还能够合成氨基酸、有机酸、维生素等供我们利用，并可以代谢毒素，减少对人体的毒害。
2. 影响大脑和行为：肠道微生物可以通过肠-脑轴（gut-brain axis）调控宿主的一系列行为。例如，自闭症儿童通常患有严重的胃肠道疾病，研究表明，肠道微生物的失衡与自闭症等神经行为类疾病有关。
3. 与疾病的关联：肠道微生物的失衡与多种疾病有关，包括II型糖尿病、高血压、慢性炎症性肠病等。例如，II型糖尿病患者中肠道微生物菌群失调，一些有益菌消失，条件致病菌增加。
4. 心理健康的联系：肠道菌群与心理健康之间存在联系。例如，抑郁症患者肠道中某些微生物较多，而其他有益菌较少，且抑郁症状的严重程度与这些微生物的含量有关。
5. 代谢和营养的作用：肠道菌群参与调节宿主的代谢过程，影响营养吸收和能量平衡。例如，肠道微生物产生的短链脂肪酸与血压调控相关，而一些代谢物的水平变化可以影响宿主的行为。
6. 肠道稳态的维持：正常的肠道菌群能够调节肠上皮细胞的通透性，刺激物质代谢与免疫反应，使肠道微环境长期处于稳态。肠道菌群失衡可能引起多种健康问题。
7. 影响生物钟：肠道微生物与生物钟有关，实验表明肠道细菌的比例存在昼夜节律波动，并且肠道菌群的变化与倒时差、肥胖和糖尿病等疾病特征有关。
8. 治疗潜力：肠道微生物还被用于治疗某些疾病。例如，利用健康人的肠道微生物治疗肠道感染性疾病，通过粪便微生物移植(Fecal Microbiota Transplantation, FMT)来抑制艰难梭菌的过度繁殖，治疗的有效率非常高。
人体肠道的细菌整体构成了肠道微生物组，遗传、环境暴露、生活方式和饮食等多方面因素共同塑造了人们的肠道微生物组，这表明肠道微生物组具有个体差异性。肠道菌群对人体健康的影响是一个复杂的相互作用网络，涉及消化、免疫系统、行为和心理等多个方面。维持肠道菌群的平衡对于健康至关重要，而深入理解肠道微生物组如何影响人体健康将为未来的医学和健康领域带来革命性的影响。