简单回答：大概率是主要针对“海巡署”的压制工作。并不会专门去针对金门的渔民。
看到有朋友说应该去没收金门渔民的渔船，打击金门渔民，我得说这是搞错了重点。
目前台湾方面在进门巡逻的海巡署人员，并不是金门本地人，也不受金门本地政府的控制。实际上近年来金门与大陆的经济往来越来越密切，金门的很多人在福建都有生意、房产。据说两边渔民也常常在海上交易渔获。这种“你中有我，我中有你”的趋势，肯定是不利于台湾当局的。
金门与台湾本岛相距遥远，又与大陆非常近，如果金门与大陆之间经济和信息往来比与台湾本岛更密切，那么在统一过程中不但金门可能传檄而定，在台湾本岛畅通无阻的金门人之中，很多人完全可能为大陆做事。这对于台湾当局来说是非常糟糕的局面。
从台湾当局的角度来说，当务之急当然是阻断金门与大陆的“不受控制”的交流：不但要阻断海上的交流，把大陆人驱离金门近海，最好还能搞出点矛盾来。这个事情如果让金门本地人来做，肯定会阳奉阴违，甚至暗通款曲。所以现在据说驻扎在金门的海巡署人员都是台湾本岛人。
这是本次两位同胞不幸遇难的背景。
再从大陆的策略来说，延续目前的对台策略，就是不断找机会切香肠，把现状往不利于台湾当局的方向慢慢推进。而我国民众的呼声，也是要求政府要有所作为，不能再出这种事。
如果是动用海警去打击金门渔民，那就正中台湾当局下怀了：激化了金门民众与大陆民众的矛盾。而且这对统一也没什么帮助。
真正应该做的，是把台湾的海巡署压制到海港里，是把相关海域的执法权拿过来。至于金门渔民，只要他们愿意遵守我们的海域管理规定，就应该让他们在这片海域自由活动。
和敌对的海警、海巡船只作斗争，这事情我们的海警已经非常熟练了。过去十几年里，我们的海警在钓鱼岛、在南海已经逐步取得了压倒性的优势。过去我们不得不依赖激烈的“保钓运动”来维持对钓鱼岛的“主权宣称”，而现在，日常的海警巡逻就已经能够大体上把日本的海巡船控制在钓鱼岛之外了。我们的海警船只往往比对手的更大更快，压制对方应该不成问题。
除了维系金门渔民和大陆的台面下的联系，控制金门近海也对可能的统一作战有不小的帮助。
如果确实能将金门方面的海巡署压制住，也许我们后续还会看到我国海警的巡逻线慢慢向台湾本岛推进。