陕甘回乱叛军大肆屠戮陕甘二省的无辜百姓，并占据了陕甘二省全境，关于陕甘回乱叛军的恶行在陕甘二省各县县志中皆有记载，在此我列举其中七个县志中的记载。
《临潼县志》记载：1862年到1869年七年间，30余万人遇难，渭河南北无一村一人幸免。
《富平县志》记载：在1855年的时候整个县城有46579户人家，统计起来人数大约是在25万人左右，但是到了1876年的时候再次统计的结果是仅剩下28543户人家，人数也变成了12万人左右。
《三原县志》记载：陕甘回乱之前，三原县的人口在十六万人左右，在陕甘回乱被平定之后仅剩下了四万人左右。
《高陵县志》记载：高陵县在陕甘回乱之前的人口将近七万，陕甘回乱被平定后再次统计，高陵县的人口已损失了多一半。
《渭源县志》记载：屠毒生灵以数万计，满城官民皆死之。残杀一日，辄死百姓数万，血流成渠，尸积如山，伤心惨目。
《平凉县志》记载：将官死节者百余，士民死者数十万。
《华亭县志》记载：陕甘回乱导致华亭县空无一人，陕甘回乱结束后，仅有七十多个在回乱期间逃难的百姓归来。
同治二年（1863），陕西回乱四处虐杀汉人并扬言挖掘中华始祖黄帝陵。福祥率团与回军作战。
1864年10月，回乱企图毁了黄帝陵，但在陕北遭到当地反清的汉民武装董福祥的顽强抵抗，最终被击溃。敌人曾两次进攻陕北延安，妄图摧毁黄帝陵，两次都被董福祥等汉族武装击溃，保住了中华民族的血脉精神依靠和陕北汉族百姓免遭屠杀的命运。
左宗棠平定肃州叛军标志着陕甘回乱的结束，左宗棠用了十年的时间，付出了刘松山、傅先宗、徐文秀等二十多位平叛将领战死的代价，成功完成了平定陕甘回乱的壮举，为华夏大地永远牢牢的将陕甘二省留在了华夏版图之内，同时也避免了青海被陕甘回乱叛军占据的厄运，因为陕甘回乱叛军的最终目的是建立包括陕甘二省和青海全境在内的回教国。
陕西人口在战乱中损失达622万，甘肃（此时的甘肃省包括今宁夏回族自治区、青海省西宁市和海东市）人口损失达1455.5万，陕甘合计约2000万
根据复旦大学《中国人口史 第五卷清时期》的数据分析，浩劫过后，原本总人口1300多万的陕西死亡466万人，其中关中地区人口损失多达45.8%。原本1945万人口的甘肃死亡1455万人（当时的甘肃包含今天的甘肃、青海、宁夏等）,其中原有280万左右人口的平凉府死亡高达249万，原有141万左右人口的庆阳府死亡高达128.7万人。很多村镇原本数万人口，浩劫过后，几乎是方圆十里无人烟。