39岁了，还能去日本就职吗?

可以的
但是在申请出国前，先要有预期出国的生活结果是什么样的。

39岁，在国内应该有稳定的工作收入了，出国从头开始，自己是不是可以接受的。

出国前在办理各种手续，申请材料时，自己能不能有配合的材料，同时也要接受可能被拒签的可能。