这其实并不奇怪，因为总体来说，中国历史上的初代目/创业君主，儿子夭折率(这里夭折定义为十岁前因病死亡)本就普遍较低。
下面一一列出：
1) 汉太祖刘邦八子，无一夭折。
夭折率0%。
2) 汉光武帝刘秀十一子，最多夭折一人(刘衡)。
夭折率9.1%。
PS: 刘衡寿命未载，结合史料推测可能死在十岁前。
3) 魏国曹操二十五子，最多夭折七个(曹玹、曹矩、曹子上、曹子勤、曹子乘、曹子京、曹子棘)。
夭折率28%
PS: 这七人寿命皆未载，结合史料推测可能死在十岁前。
4) 汉昭烈帝刘备三子，无一夭折。
夭折率0%。
5) 吴国孙权七子，无一夭折。
夭折率0%。(另外孙坚和孙策的孩子夭折率也都为0%)
6) 晋高祖司马懿九子，无一夭折。
夭折率0%。
7) 宋武帝刘裕七子，无一夭折。
夭折率0%。
8) 齐高帝萧道成十九子，夭折了四个(九子、十三子、十四子、和十七子)。
夭折率21.1%。
9) 梁武帝萧衍八子，无一夭折。
夭折率0%。
10) 陈武帝陈霸先四子，最多夭折了三个(陈克、陈立、陈权)。
夭折率75%。
11) 北魏道武帝拓跋圭十子，最多二人夭折(拓跋聪、拓跋浑)。
夭折率20%。
12) 北齐神武帝高欢十五子，无一夭折。
夭折率0%。
13) 北周文帝宇文泰十三子，无一夭折。
夭折率0%。
14) 隋文帝杨坚五子，无一夭折。
夭折率0%。
15) 唐高祖李渊二十二子，最多一人夭折(李元方)。
夭折率4.5%
16) 后梁朱温七子，无一夭折。
夭折率0%。
17) 后唐李克用十三子，无一夭折。
夭折率0%。
18) 后晋石敬瑭六子，最多夭折二人(石重杲、石重进)。
夭折率33.3%。
19) 后汉刘知远三子，无一夭折。
夭折率0%。
20) 后周郭威不统计(儿子都是死于非命，且寿命无载)
21) 宋太祖赵匡胤四子，夭折二人。
夭折率50%。
22) 契丹耶律阿保机四子，无一夭折。
夭折率0%。
23) 女真完颜阿骨打十六子，夭折率无法考证(有八子没有事迹记载)。
24) 蒙古铁木真八子，夭折三人。
夭折率37.5%。
25) 明太祖朱元璋二十六子，夭折二人(朱杞、朱楠)。
夭折率7.7%。
26) 建州女真努尔哈赤十六子，无一夭折。
夭折率0%。
27) 皇太极则是十一子，夭折两人(三子和八子)。
夭折率18.2%。
一共二十七个创业君主，除了不统计的郭威和无法考证的完颜阿骨打，另外二十五人里，儿子夭折率低于或等于20%的有至少十九个。
儿子夭折率比朱元璋(7.7%)低的，有至少十五个。
从这些初代目中，可以总结出两个规律，我认为也适用于朱元璋，可以解答题主的疑问。。
规律一: 初代目们作为创业君主，寿命都不算短。连死得最早的赵匡胤，也活到了虚岁五十。
且绝大多数都经常带兵打仗，身体普遍不错。
因此生出来的孩子相比中后期君主的子嗣更健康，不容易夭折。
朱元璋的情况明显符合这条规律，他虚岁七十一才死，在古代皇帝里算很长寿了，可谓身强体健。
明史 卷3: 闰月癸未，帝疾大渐。乙酉，崩于西宫，年七十有一。
规律二：相比起居注完善的治世皇帝，初代目在创业阶段的子嗣更可能出现漏记，也就是说其实有更多早夭的儿子，只是没被记录下来而已，继而造成官方夭折率低于事实。
比如刘备，按照《三国志》的记载在刘禅之前应该也是有儿子的。
三国志 卷32: 先主与术相持经月，吕布乘虚袭下邳。下邳守将曹豹反，闲迎布。布虏先主妻子，先主转军海西。
三国志 卷32: 曹公尽收其众，虏先主妻子，并禽关羽以归。
只不过信息太少了，导致根本无法判断是否夭折。
再比如宇文泰，按照《北史》的记载只有十三个儿子。
北史 卷58: 周文帝十三子：姚夫人生明帝。后宫生宋献公震。文元皇后生孝闵皇帝。文宣叱奴皇后生武帝、卫剌王直。达步妃生齐炀王宪。王姬生赵僭王招。后宫生谯孝王俭、陈惑王纯、越野王盛、代纮王达、冀康公通、滕闻王逌。
但根据《北周宇文逌墓志》所述，宇文泰其实至少有十五子(正史第十三子宇文逌，被称为第十五子)，也就是说可能有两子早夭，因此没有被史书记载。这样的话他的实际夭折率应该是13.3%，而不是0%。
李克用也类似，根据其墓志铭所述，其实有二十几个儿子，远多于正史记载的十三个，这里面很可能有些早夭的。
李克用墓志铭：王之弟四人，官氏之次，悉列於豐碑。小君三人：長沛國夫人劉氏，無子。少魏國夫人陳氏，亦無子。次晉國夫人曹氏。皆以賢淑令嘉、□嚴慈育慶門，即令嗣王令公，實晉國太夫人之自出也。嗣王之兄令□，義相公名嗣昭，乃王之元子也，嗣王之次親第二十三人，具名列於後：存貴、存順、存美、存矩、存範、存霸、存規、存璲、善意、大靜、重喜、小靜、住住、神奴、常住、骨骨、喬八、外端、小惠、延受、小住、□寶、小寶。於戲！
还有铁木真，如果只看《元史》的话，他就六个儿子，夭折一个，夭折率16.7%。
元史 卷107: 太祖皇帝，六子：长术赤太子；次二察合台太子；次三太宗皇帝；次四拖雷，即睿宗也；次五兀鲁赤，无嗣；次六阔列坚太子。
但根据《新元史》记载，铁木真其实有八个儿子，夭折了三个，夭折率37.5%。
新元史 卷106: 太祖皇帝八子：光献皇后生术赤，次察合台，次太宗，次拖雷；忽兰皇后生阔列坚；也速干皇后生察兀儿；乃蛮女生术儿彻；塔塔儿女生兀鲁赤。
看似很小的漏记，在夭折率方面的区别就非常大了。
这条规律应该也适用于朱元璋，因为他虚岁四十才称帝，之前的官方记录很可能没有后来完备，或许漏记了些夭折的儿子。
PS: 夭折率而论，明朝的分水岭其实是宪宗。
从建文帝到宪宗：
建文帝二子，无一夭折(朱见奎下落不明，且即使1402年就死了也明显属于非正常死亡)。
明成祖四子，夭折了一个(朱高爔)。
明仁宗十子，无一夭折(最短命的也活到了虚岁十六)。
明宣宗二子，无一夭折。
土木堡战神九子，夭折了两个(朱见湜、朱见淳)
景泰帝一子，夭折。
明宪宗十四子，夭折了三个(皇长子、朱祐极、皇十子)
一共记载四十二子，夭折了七个，夭折率16.7%。
虽然比朱元璋的7.7%高，但还算较低的。
再看从明孝宗开始的皇帝儿子夭折率：
明孝宗二子，夭折了一个(朱厚炜)。
明武宗无子。
明世宗八子，夭折了五个(长子、五子、六子、七子和幼子)。
明穆宗四子，夭折了两个(朱翊鉽、朱翊铃)
明神宗八子，夭折了三个(朱常溆、朱常治、朱常溥)
明光宗七子，夭折了五个(朱由㰒、朱由楫、朱由模、朱由栩、朱由橏)
明熹宗三子，全部夭折(朱慈燃、朱慈焴、朱慈炅)。
崇祯帝七子，夭折了四个(朱慈烜、朱慈焕、朱慈灿、皇七子)
一共三十九子，夭折了二十个，夭折率51.3%，不但远高于明朝中前期，甚至可能都高于清朝了。
至于朱元璋的基因在孝宗和兴献帝这里出了啥问题，就不得而知了。。。