看下来，感觉大概率可能是“闲的”。就是衣食无忧，生活富裕导致的精神空虚。所以想在波澜不惊，一成不变的婚后平淡生活里给自己找点刺激和存在感。
孩子有人带，不需要太操心。看得出来，开花店也就是消磨下时间，你家也不在乎盈亏。那她整个人就无所事事了。人一旦闲了，就容易出幺蛾子，不管男女。
当然了，也有可能有因为是校园恋情，感情经历不丰富（直白点就是没跟很多人睡过），闲下来后觉得自己亏了，应该多经历一些的，所以找了个大学生滚几下弥补一下。当然了，也可能是题主没有喂饱她。
总体感觉，和爱或者不爱没关系。我个人觉得有挽救的可能。但是看得出来题主是厌恶的，所以就题主的三个问题
1、要采用什么方式离婚才更好呢？
如果是铁了心要离婚，那就故意装不知道，多收集几次开房的证据，一次两次力度不太够，老人看在孩子面上，也不会支持的。故意放纵，多收集后，量变产生质变，到时候双方老人和她本人都没脸开口劝和。
出轨在法律上也不是多严重的事情，财产该分的还要分。所以还是协议离婚吧，互相留个体面。
2、有什么合法的方法能惩罚报复她？
我认为就是精神空虚导致的出轨，没必要报复，过不下去了就别过了，好聚好散。离婚应该就是对她最大的报复了，会瞬间从生活优越不愁钱跌落到掰着手指头过日子。两个孩子不要争，争了就变成她要挟你的筹码。带着一个两个孩子的工薪阶层女人你以为能有好日子过？以退为进，她要她带走，她不要你就留下。30岁还年轻，家里还有钱，离了再找再生轻轻松松。不过大概率是一人一个。互相不付抚养费。
如果有气，不想多分婚后财产给她，那存款想办法合理转移掉。
胆子大一点的，也可以做局让她入坑，杀猪盘嘛，你懂的。到时候家里存款让她被骗掉，不仅分不到，还要背负债务。当然了，这个有点损了。不过可以提前布局，如果协商不能体面离婚，那就你来给她体面。
3、还有一个问题一直像噩梦一样缠着我，为什么她会出轨呢，这个“为什么”在我脑子里面出现了无数次，我从哪个角度找都找不到理由，为什么？为什么？为什么？
开篇已经分析过了。虽然说的是她的问题，但是这种事情嘛，也不可能是单方面的问题。题主多少也是有问题的。想挽留的就现在反省，铁了心离婚的等离完婚再慢慢反省吧。