利益相关，协八在读，匿了。
给高中小朋友的一些知识补课：协和八年制一年招收90个人，清华卓越医师科学家/医学实验班/清华医学八年制扩招后一年招收 60 个人。
当年高考后也纠结过这两个选项，当时都是高考完嘛，年轻人谁还没有点理想主义。一听到医实既能当医生又能当科学家，还能人人出国留学两年，再加上和协和相比又是新项目，秉着多快好省、临床科研一把抓的态度，立马签了医实。后来经多方劝导、仔细衡量，又改签了协和。
在北京协和医学院就读是什么体验？（引用一位已毕业学姐的回答）
先说培养方案，协和是 2.5年清华+5.5年协和。在清华的2.5 年称作医学预科，学习一些数理化生计算机的基础知识和接受通识教育（尽管本人觉得没什么大用处，协和超长的预科时间也是一个备受历届学生吐槽的点），在协和的5.5 年中先用1.5 年学习基础医学知识，从大五开始在协和医院进行3 年 4 个月的见实习，最后8 个月脱产科研。从培养方案可以看出之前的培养方案中能给出科研的时间不多，在国内唯科研论的风气下显得比较不利。但学校也意识到了这一点，现在改革后从大三末就开始定导师，科研的时间应该是足够了。
85.pdf (tsinghua.edu.cn)（医实的培养方案）
医实的培养方案是 3+2+3（或者 3+3+2，可选），前 3 年在清华医学院学习预科以及医学知识，中间2 年公费出国（美国匹兹堡大学医学院或者澳大利亚墨尔本大学医学院）做科研，最后 3 年到协和医院见实习。然而最近听说医实扩招之后出国要筛人；去协和医院的见实习也要分流，只有不到一半的人能去。
再来说就业。协和的话，课程设置、教务和培养计划会有些小坑，但是最终就业的时候协和的牌子还是比较硬的，就业情况相对稳定；
医实的话，不得不承认医实最初那几届就业相对协和要好一些（医实 2009 年开始招收 8 年制学生，也就是说第一届 2017 年毕业）。毕竟平心而论，人家专门在国外科研训练两年，按照当时国内唯科研论的风气，自然是医实更有优势。新产品出炉医院也乐意尝试一下。
因此知乎上评价几乎是一水儿的认为医实比协和好，但希望题主仔细观察那些回答的时间，近些年就业的情况可能和早前的情况恰好相反。下面我以 2020 年为节点，从2017 -2020年 和 2021-2022年这两段时间医实与协和两家的就业去向数据说明变化。
就业和校友-清华大学医学院 (tsinghua.edu.cn)
（上面两个统计的都是 2017-2020 年的毕业生，也就是从医实 2009 年开始招生之后的4 届毕业生）
从数据来看，2017-2020 年协和八年制留协和医院比例为 30-40%，医实留协和医院比例约为 48%；2021-2022 年协和八年制留协和医院比例为 40-45%，医实留协和比例约为20.33%(（42-30）÷（121-62） ≈ 20.33%)。23 年就业情况可以查到，协和医院博后里面医实有7个，剩下的大多是协和系统的，可以看出也是协和留院比例更高一些。
不过从招生的角度来说，肯定是协和要吃亏的，毕竟考生去清华招生组咨询的话，某些地方是直接优先推荐医实的（原因不方便细说）。协和既然招生挂在清华名下，也只能吞下这口气。
对于两家哪个比较好，本人不做出评价。毕竟情况每年都在变化，医学学制又长，谁也不知道 8 年学成后哪家更好一些。就像医实前几届就业较好，到了今年却又只有廖廖数人被协和医院录用 (详见@Elseeyes的回答）。写下这篇文章只是希望能够让高分学医的考生在填报志愿时少一些信息差，不让一颗学医的心在启程前就被欺瞒与纠结泼上冷水。
限于信息渠道，对两家的对比介绍难免有些许疏漏不足。对考生填报志愿仅供参考，也欢迎更多知情者评论区留言。