首先，日本文化是基于东亚文化圈的再延申，其内核取决于日本多灾多难的地理环境以及多元政治格局，导致其文化在儒学佛学的基础上出现了畸变，从而其部分文化产物与中国人长久以来的价值观存在冲突与偏差，从而导致你出现恶心的情况。
其次日本的鞠躬文化等在我看来属于文化糟粕，不代表全部日本文化。文化包括传统文学，音乐，宗教，绘画等。文学方面，古代的代表如紫式部撰写的源氏物语一类的小说与以松尾芭蕉与小林一茶为代表的俳句家所写的俳句都具有日本的三大美学要素：物哀，幽玄，咤寂，这是一种别样的美，有兴趣可以去看看北师大王向远教授的日本文化与日本之美。近代日本作家夏目漱石等，现代日本作家川端康成，三岛由纪夫等都是不错的文学大家。音乐方面，久石让，坂本龙一一类的大师就不必多说了。日本文化很多追求的是对于瑕疵的接受，享受和升华，还是别有一番风味的。
最后题主要明白一点，你仅仅是看了几本书，而且不好说是不是完全理解或者存在断章取义的情况。这边建议你从日本历史以及传统文学方面再次入手，可能你会体会到那种超验主义一般