因为河西地区——尤其是嘉峪关以西的地区已经由农耕经济转化为游牧经济，游牧经济无力支撑起郡县制在关西地区的推行，进而无法在新疆哈密地区推行有效的管理。
明初宋国公冯胜略定河西，明廷以甘肃为边地，划嘉峪关而治，在关内设置卫所，驻军屯戍。嘉峪关以西采取羁縻统治，设置了安定 、阿端 、曲先 、罕东 、赤斤 、沙州 、哈密等七个羁縻卫所，人名少民首领当土官。成华之后，吐鲁番兴起侵扰关西地区，嘉峪关外的卫所人众相继迁回 关内，关西地区变成蒙古牧场，《重修肃州新志》记载关西地区“鞠为茂草 ，无复田畴井里之遗”。
整个河西地区、哈密的经济无法支持明廷对于嘉峪关以西地区进行有效统治，更无法支持明廷在新疆进一步的军事征服活动。我没有明朝时期的数据，只能借用《清代西北屯田研究》中对清廷在平准战争的转输消耗为例：
平准战争初期，清廷用于转输的劳费极其浩繁。史载：“康熙丙子、丁丑间，圣祖仁皇帝有事准噶尔，官军馈饷，率以百二十金致一石，且或后期苦不继。辛丑西征，官运视前值为准。”据此可知，康熙中期对噶尔丹用兵，每转输一石军粮至前方，费帑银一百二十两。即使耗费如此巨大，仍出现了“且或后期苦不继”，“粮饷稽迟，兵丁困馁，致有道殣。”的严重问题。康熙末年，清军西征策妄阿喇布坦，由官府转输军粮，费用“视前值为准”，仍为石粮费帑一百二十两。其后，山西介休富商范毓请以家财报效，承担北路转输事务，所受运值，“视官三之一”，即每石领取官帑四十两，余费以家财补给。范氏兄弟转输报效前后十年，“所运米凡百余万石，所省大司农金钱六百余万”。而清军于前方就地屯田收取的屯粮，如以每石节省转输费用百两计算，每万石即可节省转输费用银百万两。我们无法计算出清军于前方收取的屯粮的总数，但毫无疑问，前方的屯田为清廷节省的转输劳费显然是一很大的数字。
这种情况直到清朝时期才有所转变，清廷为平定准噶尔、统一天山南北，以关西、哈密、巴里坤为平定新疆的前线基地。自康熙五十六年就在关西地区设置绿营，经历康雍乾三代的开发才将关西地区由游牧经济转化为农耕经济，当地的绿营屯垦卫所才逐步转化为隶属于甘肃行政体系下的州县。日后平定新疆，清廷在东疆地区（哈密、吐鲁番、巴里坤、乌鲁木齐）设立乌鲁木齐都统、实行与内地相同的郡县制的原因也是关西绿营迁入东疆，在东疆广泛屯田。
有趣的是，查阅乾隆给舒赫德、杨应琚的上谕，清朝统治阶层竟然视东疆地区为内地，而视伊塔地区、回部为新平定的边疆。
伊犁及回部非巴里坤、哈密内地可比
查口外新疆地方辽阔，一切驻兵屯田原非镇道绿营所能弹压，是以臣等从前议覆该督拨兵运粮添设文武员弁一折，令其此时毋庸急遽办理，将来统俟舒赫德等办有章程徐议酌量筹办，原专指伊犁以迄回部一带而言，并非谓附近内地等处一概置而不办也。今该督杨应琚既称乌鲁木齐以至长吉（昌吉）、罗克伦相距数十里至百余里，屯垦地亩一切收贮散给兵食均需专员经管，方可垂诸久远。等语。自属实在情形，应如所请照哈密、巴里坤之例于乌鲁木齐设立同知一员、通判一员、仓大使一员、巡检二员，令其分任管理，统听哈密兵备道管辖，以专责成。
乾隆二十五年五月初三日奉朱批：此同知定为满缺，余依议。钦此。
清朝的这一治疆思路——军管屯田，构建农耕经济，设立郡县制也被后世所继承，今日的新疆兵团即是如此。