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想修正一下很多朋友的一个小误区，那就是京都是日本传统文化中心/德川（江户）这种近现代政权之上的文化圣地，这样的感觉。
作为旅游者而言，这种想法是稍微迷信的。作为贵族政权的“平安京（也就是一些朋友所说的大唐）”目前在日本是片瓦无存的，甚至连很多旧址的所在地都不清楚在哪里。我们目前在奈良能看到多少“平城京”，在京都就能看到更少的“平安京”。而熟悉奈良的朋友会发现，南都奈良市区除了兴福寺东大寺药师寺招提寺这些寺庙之外，旧的城市结构已经完全被解除了（罗城门遗迹在哪里，大极殿什么结构，全靠历史研究者的考据，乃至“平城京”在哪里也是不知道的）。奈良的厉害之处在于这些寺庙不仅真的旧，而且不少是留下来的真迹和国宝。但是京都在历史上遭受的天灾人祸真的太多了，导致能留下来的东西无多于“凭吊”和“想象”。对于日本史爱好者而言，看到那个碑文当然可以很激动，但是对于普通游客而言，看到的很多就是新鲜的漂亮房子和日本的文化（实际上完完全全就是江户以后的文化，和贵族的京城没有什么关系，哪怕和“花之御所”时代的盛世室町幕府的京城也没有什么关系）。
同样的问题也发生在镰仓，镰仓虽然是幕府的都城，但是事实上现代的镰仓也是活在江户人想象中的“武家幻想之都”，基本所有的寺庙都是中世以后的建筑，我们只知道这个建筑从前是，say，新田义贞祭扫过的寺庙，或者说是北条泰时给公家将军修建的御所，或者说是北条高时自杀殉府时呆过的坂道。但是重点在于，这里面的“幻想”是给历史爱好者带来的心理慰藉，对于普通游客而言，看到的就是江户人和现代人修的新房子。
而东京是不一样的，近世日本绝对的经济中心，近现代日本绝对的政治经济文化中心，导致我们在首都圈体验到的日本文化是脱离想象的真实体验。也就是说将军和天皇住的地方，各种江户的小街，各种近世城郭，各种近代史上发生的重大事件，从日本开放到日本战败到日本腾飞，日本最好的大学，被称为日本这个“故事”的真正体验地，就是在东京。记载完整，地形和建筑都没什么变化。所以说东京对日本的意义恰恰是北京+上海的合体，而京都奈良近江大阪等全域可以说是西安+洛阳。认为东京是没有文化底蕴的地方，是一种非常错误的认识。
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如果只能去一个。东京。
当代京都和故唐没有任何关系，几乎没有前德川时代的故迹。且当代京都的构造和地理位置完全是平安末-武家时代的产物（可以注意到大多数的城市中心和新的“朱雀大街”已经集中在左京了）。如果想看历史，最好去奈良，药师寺和唐招提寺都是旧迹，质量非常高。京都（旅游）属于那种打造给旅游者的“日本文化体验”，清水寺那一带的京都有着非常强的“人工旅游小古镇”感。当然不是说京都不好，就是走马观花地观赏清水寺，八坂神社，金阁寺，二条城，岚山，京都御所这些个景点其实会稍微让人失望。京都更适合待一段时间，然后挑自己很感兴趣的地方去多逛逛。当然，如果有这多余的时间的话，建议京都东京都去。
推荐去东京，东京更加集约化，首都圈非常繁华，旅游和交通资源非常丰富，并且东京才是“日本”这个故事的真正舞台。要体验那种“人工旅游小古镇”可以去川越，成田，要看大海可以去横滨横须贺，要看寺庙（虽然基本都是后面建的，但是是正宗武家文化）可以去镰仓，要看战国史（这个整个关东太多了）可以去东京附近的各种城（行田，古河，小田原，etc），想看日本近代史，整个东京满地都是，想看日本的繁华，新宿，涩谷，银座，池袋，上野，想看日本的铁道故事，没有比东京更适合体验的地方了，且旁边有琦玉的铁道博物馆。
FYI，如果要去USJ的话，那么就京都（USJ真的很好玩）哈哈哈哈哈哈。