从江户时代的儒学家严垣松苗写的《日本国史略》来看，战国时代最混乱的时候日本朝廷基本处于停摆状态，但是还是有天皇和个别大臣在活动。
《日本国史略》记载了一件关于天皇的令人心酸的往事，和足利义辉将军一个时代的正亲町天皇没有钱完成登基大典。最后还是靠对天皇还有忠诚心的大名毛利元就拿出钱财才勉强完成了即位大典（元就家族远祖大江广元原本是公卿，被镰仓初代源赖朝将军雇佣编写法典有功，后代因此获得领地，可能因为出身的原因，元就对天皇认同感很高）
正亲町天皇得到钱财之后非常高兴，给了毛利元就四品官职。
三年，正月，行即位禮。毛利元就請獻其費。因敘從四位下，任大膳大夫，賜以菊桐記號。
值得注意的是，无论哪个时代，天皇都绝对不是最惨的对象，《日本国史略》记载的公卿生活还要更惨。当时朝廷纶旨和将军御教书都不再有命令诸侯的能力，各地税收不上交朝廷和幕府。因此公卿拿不到工资，不少人主动解职，去投奔各地大名混饭吃去了。剩下的还坚持在岗位上的大臣，因为没有饭吃，只能在百姓家寄宿。
當是之時，喪亂日久，賊勢猖獗于京畿。詔命及足利氏威令，一無所施。大內供御，屢稱乏絕。公卿邑入，百官廩祿，皆脧削不給。徃徃解職，寄遇諸大名國。留者至寄食民家。朝廷衰耗極矣。
但是当时日本朝廷虽然基本处于瘫痪状态，不少大臣都不在岗位上，但也没有完全停摆，个别人还在努力为天皇服务。《日本国史略》中正亲町天皇的朝廷还是有一些活动记录，比如天皇在战乱时期还在读书。自古以来天皇读书都有人负责讲解传授书本知识，这也可以说明在战乱时期还是有学官在坚持辅佐天皇。
是月，天皇始讀五帝本紀。
除了接受毛利元就的供养，天皇似乎也有主动改变自己的财政困境的举动，他曾经派遣使者去尾张国热田神社找织田信长筹措资金（天皇也是神道教教主，名分上对各神社有管理权），信长公看到天皇使者十分感动，他认为自己虽然是偏僻的小国大名，但是天皇还记得自己希望自己能帮助朝廷。最后信长公给了使者丰厚的资金。
是月，天皇遣中使於尾張，託用幣于熱田祠。密詔信長曰：「朕聞卿威名，為日多矣。今朝廷衰絀，姦宄縱橫。卿幸養威力，以圖王室。若能肅清輦下，修整宮闕，興廢滯，振乏絕，使庶尹百司各得其所，以策不世之勳。則予一人以懌。」因賜奇香暨衣一稱。
信長再拜稽首，答曰：「今也，大國雄藩，不為少焉。特賜寶命于小邦，臣信長，何榮如之。臣請先平濃江，然後弭節京畿。謹扣天閽，以拜命辱。」十一月，享使者，厚其賜賄遣歸。
在战国时代，也有不甘寂寞的公卿试图恢复朝廷的权威在日本各地四处活动。其中最有名的人物就是关白近卫前久，近卫前久曾经和上杉谦信结盟。以凭自己关白身份帮助谦信称霸关东为条件，要求谦信以自己的武力扶持朝廷。前久曾经冒死在靠近北条家领地的古河城为上杉谦信打听一手情报，因此被关东武士们评价为有胆有识之人。
景虎の関東平定を助けるために上野・下総に赴き足利藤氏を支援するなど、公家らしからぬ行動力をみせた。
景虎が越後に帰国した際も危険を覚悟の上で古河城に残り、情勢を逐一越後に伝えるなど、大胆かつ豪胆な人物でもあった。
后来，近卫前久因为扶持过十四代将军义荣的原因，被新上台的十五代将军足利义昭厌恶。最后惨遭免去关白职务流放外地，但是不久之后前久又因为帮助织田信长和石山本愿寺和解，结束十年以来的长期战争有功。又从织田信长手上获得1500石领地，并再次出任太政大臣。
后来信长公死于本能寺之变，前久也感觉世事无常，再兴朝廷也不太现实。最终剃发出家当了和尚。至此战国时代的公卿再也没有出现过能影响战国时代日本局势的人物。
这大概就是日本战国时代公卿的情况。