亚洲唯一的根服务器在日本，那么日本可以控制中国的网络吗？

不能。你自己找个根服务器 IP，traceroute 一下会发现实际上是国内镜像。

另外，与其担心日本控制中国网络，不如庆幸根服务器不在中国，不然可能会拉着全世界被污染（又不是没发生过）。