对于雅万高铁的质疑主要在国内，对于印尼完全是无风险的项目，这个在项目开始的时候就确定好了，当时一共有两个国家报价；
日本报价78万亿印尼盾，贷款利息为0.1%；
中国报价80万亿印尼盾，贷款利息为2%；
表面上看，日本的报价和贷款利息都更低，但是日本政府要求印尼政府自筹30%的资金，剩下的贷款以日元计价，印尼政府提供担保。这样一来，风险完全压在了印尼一方，印尼政府需要提供大概15亿美元的启动资金，如果后期的建设不顺利，建设成本超支，收入不如预期的话，产生的亏损也全部由印尼政府承担，风险太大了，因此印尼总统佐科·维多多在2015年9月3日宣布放弃了建设高铁项目。
于是中方提供了一份全新的建议，雅万高铁采用特许经营制，建设和运营主体是印尼中国高速铁路有限公司（简称KCIC），中国公司占股40%，印尼公司占股60%，项目的启动资金约15亿美元由中方筹集，剩下的由国家开发银行提供贷款，贷款以美元计价，贷款周期为五十年，设置十年的宽限期，前十年只还利息，不还本金，不要求印尼政府承担任何财政支持或者债务担保，项目完全通过后期运营来偿还债务。
在这份报价中，印尼政府不承担任何的财务风险，所以仅过了一个星期的时间就成交了。
因此对于这个项目，印尼方面是完全不用担心的，如果运营符合预期的话，KCIC直接破产就行，完全不用担心债务或者运营成本问题。
其实好多高铁项目都是如此，比如印度的孟买-艾哈迈达巴德高铁，2009年就开始谈判，主要障碍就是财务问题，日方的要求大致是由日本国际协力机构提供融资，贷款以日元计价，设置贷款上限位1.46万亿日元，同时印度政府至少自筹30亿美元的启动资金。此外，新建的高铁站要建在即有车站的附近或者上方，以方便与印度现有铁路进行换乘，印度政府负责征地。
因此这个项目的财务风险和征地难度都很大，进行的极为墨迹，日本在雅万高铁上的规划大致也是一样的，要在雅加达和万隆的老车站附近改造，要求印尼政府提供财务担保，因此印尼政府的兴趣很低，而中国提供的方案，直接将高铁站建到了比飞机场还远的地方，再加上不要求印尼政府承担财务风险，因此很快就成交了。