男孩被怀疑非亲生，父亲囚禁其在家中活活饿死。未成年子女是否应该优先交给母亲抚养？

这和抚养有什么关系？又不是监护人失职导致的死亡，是这个父亲囚禁男孩致死，非常明确的故意杀人。就算法院或者民政部门确认孩子给母亲抚养，被父亲带走又弄死也不是没有。再说残杀亲子女的母亲虽然少但也不是没有。

父亲和父亲不一样，母亲和母亲也不一样，哪有一定之规？

唯一必须确定的，是杀人伤人者应当受到应有的刑罚，不得因身为被害人父母而获得减免，反而应因其身为监护人侵害被监护人而被严惩。只有这样，未成年子女的生命权人身权才能得到基本的保障。