简单一点说：
这个说法里的“奠定”是很客观的描述方法，请不要将其理解为“恩赐”。
现代国际社会上的国家与国家之间的领土法理体系在历史上有一个漫长的形成过程，古封建时期领土观念比较模糊，并不存在国际公理，随着地理大发现时代全球土地被瓜分进程，欧洲列强之间不断发生冲突，并互相签订了一系列国际条约，或产生了关于领土法理问题的事件，比如《威斯特伐利亚和约》，《乌得勒支和约》，维也纳会议、柏林会议等，再后来经过两次世界大战和联合国的建立最终形成了如今国际上的领土法理体系。
在你开始融入这个体系的时间点，你的领土是哪些地方，这个体系就会将哪些地方视作你的“基本盘”，简单来说就是，大家都会看着你是带着哪些领土来加入这个体系的，这和你五百年前一千年前都占领过哪些地方都无关。
而中国开始接触列强，与列强发生领土问题摩擦，并最终融入到这个新国际法理体系中的过程，是从清朝开始的，因此我们说，现代中国领土是清朝奠定的。如果说“清朝奠定现代中国领土”这个说法让你感觉不舒服，那么可以平替为另一种表述“清朝时中国人所占有的领土在法理上奠定了现代中国的领土”或者“在领土问题上中国开始融入新国际体系的时间点在清朝”