根据上级要求不等于合法合规。
这件事本质上还是公共卫生安全与个人权利保护之间的冲突。官方回应一直在强调的“相关卫生专家已经到达，政府也组织了几百人前往我们这里来做消杀排查”，也是为了突出事件的紧迫性和突发性，希望以此证明行为的合法合理。
相关部门在公共卫生事件中采取应急措施的权力来源于法律的授权，行政执法领域事属于“法无授权不可为”。但即使涉及公共安全，也不代表无限授权。虽然《传染病防治法》和《突发公共卫生事件应急条例》等法律赋予了有关部门在突发公共卫生时间下采取必要应急措施的权利，但在具体执行时，仍需遵循必要性原则、比例原则和程序正当性原则。
家长不在、凌晨敲门、叫醒未成年儿童抽血，是否确有必要？ 是否存在必须立即在凌晨进行检测的紧迫性？例如，是否有证据表明这些儿童是极高危密接且即将造成大规模传播？常规的日间通知家长陪同检测是否无法达到防控目的？
这种时间（凌晨）、环境（脱离监护人）、方式（侵入式医疗操作）对未成年人造成的侵扰（心理惊吓），是否超过了防控措施本身可能带来的公共利益？是否还有其他更有利于保护未成年人身心健康的排查方案？
这些都是需要考虑的问题。
理解相关部门履行职责和考虑公共安全的需要，但执法在授权范围内可以有更好的方式，而不是只粗暴的执行上级要求。毕竟枪口抬高一寸，就能兼顾命令和良知。