有区别的，南京大屠杀的恶劣程度高的多
扬州的屠杀是17世纪古代军队的屠杀，这在古代史上是很常见的。清军的时代，没有战争犯罪的概念。类比的话，曹阿瞒的屠杀铁木真的屠杀和扬州的屠杀本质上是差不多的——当时的军人，当时的战争规则就是这么野蛮。
而南京大屠杀发生在1937年的现代，时代变了，战争的规则变了。
日本是1907两个陆战法规和惯例公约（海牙第四公约）和1906改善战地武装部队伤者病者境遇的日内瓦公约的缔约国，根据条约明确规定交战国不得杀害放下武器的敌人，不得对平民施暴掠夺和杀戮，人道对待战俘等。
日本承诺了条约规定的义务，明知屠杀平民和战俘是战争犯罪，这是明知故犯。再者，1900年的日军军纪比其他国家好很多，说明他们的军人是管得住的，之所以屠杀，就是军队领导下的命令，要系统性的屠杀。