一般来说，生殖隔离是对生活在同一时代的、有可能进行有性生殖的生物讨论的。

如果我们忽略时代差异，那么现代人和数千年前的古人可以有不同程度的不完全生殖隔离，可以表现为双方的交配意愿统计显著地低于跟同时代的其他个体交配、双方交配产生可育后代的成功率统计显著地低于跟同时代的其他个体交配。

从形态学证据和有限的分子生物学证据看，过去 30 万年间的晚期智人与现代人没有完全生殖隔离，尼安德特人、丹尼索瓦人与现代人没有完全生殖隔离。

这问题的补充说明包含一些错误，提问者可能看了一些过时的信息。

现有技术可以从数千年前的古人遗骨里取得 DNA 降解产物并还原其大段序列。这个时间还可以进一步延长。

根据对加拉帕戈斯的鸟、果蝇、多种鱼类、大理石纹螯虾、多种植物等非人生物的研究，对于有性生殖的多细胞真核生物，生殖隔离有概率在 1 代到数代内通过特定的基因变异或染色体多倍化快速出现。这并不依赖于题述的核战、陨石、“严酷的XX选择”。对于人，指望染色体多倍化产生可育个体是比较困难的，让特定的基因变异导致携带者与非携带者无法产生可育后代并不困难。

• 例如，鸭嘴鱼和剑尾鱼的 X 染色体上的 Xmrk-2 基因不相容，杂交后代在性成熟前死于恶性黑色素瘤。果蝇物种间可因 OdsH 基因不相容而导致杂交后代不育，可因 Hmr 或 Nup96 基因不相容而导致杂交后代不能成活。这些差异完全可能一次性突变出来。

如果你要设定人们发现距今数千年前的古人与现代人有完全生殖隔离，那么我认为这对人类社会的影响不大。不喜欢这种结论的人可以像你大概经常见到的神创论者那样去相信自己喜欢的结论。喜欢这种结论的人接下来大概会自称“当代智人”，以此与“晚期智人”相区分。下一代成长起来的人会更容易接受他们出生时就已经存在的科学事实。

也可以看看：

印度种姓制度产生的不严格交配前隔离在距今约 1900 年前发展到妨碍人群间基因混合^[1]。2016 年，印度约有 8% 的已婚妇女表现出原发性或继发性的不孕症^[2]，在册种姓（主要是达利特）的平均不孕发病率高于全国平均水平，在册部落（历史上被蔑称为野蛮部落）的平均不孕发病率又高于在册种姓。

某些不孕不育归因于交配双方的配子不相容或相容性差。种群间的高比例配子不相容可随着时间流逝发展为生殖隔离。估计尼安德特人灭绝或与智人融合前跟智人交配导致产生后代的概率约 1.5%.

目前，不容易判断一对夫妇长期不能产生后代是归因于病理问题还是归因于遗传不相容，人群中的生殖相容性还在研究中^[3][4][5]，印度民间有人推测不同种姓间的生殖相容性低于同种姓内，理由是达利特中包含着相当一部分跨种姓结婚人口。截至 2011 年人口普查，印度约 5.8% 的婚姻是跨种姓婚姻。

印度某些不同种姓的部分染色体（尤其是 Y 染色体）和线粒体 DNA 有部分序列差异^[6][7][8]。

在世界上其他地方也观测到跨种族夫妇的平均生育率较低。

• 2008 到 2017 年美国社区的生育模式因种族配对而异，亚裔与白人组成的夫妇的生育率显著低于平均水平，北美原住民与白人组成的夫妇的生育率相对较高。白人男性-黑人女性、白人男性-西班牙裔女性组成的夫妇的生育率与白人夫妇相近（较低），黑人男性-白人女性、西班牙裔男性-白人女性夫妇的生育率与黑人-黑人夫妇、西班牙裔-西班牙裔夫妇的生育率相近（较高）。 研究人员认为这反映了不同种族和族裔群体的耻辱感^[9]——他们还没往遗传不相容上调查。
• 定义较宽泛的不孕症^[10]影响美国约 12% 的夫妇。

不过，跨种族夫妇的生育率还是经常比白人-白人夫妇、东亚-东亚夫妇高。

十九世纪于中国辽宁出土的有千年历史的普兰店古莲子早已在实验室复苏、长成完整植株，和多种中国现代莲产生后代并培育为多个品种。

1965 年，武汉植物研究所将普兰店古莲与日本赠送的大贺莲（用千叶县出土的约有 2000 年历史的独木舟上的古莲子培育出的植株及其后代）产生后代“中日友谊莲”，赠予日本；1979 年，日本将“中日友谊莲”的莲子回赠至未保存样本的中国。

我国还有许多地方出土过有一两千年历史的古莲子，长成植株后可以和现代莲产生后代，乃至重新野化成大片野生莲。

参考

1. ^https://www.cell.com/ajhg/pdf/S0002-9297(13)00324-8.pdf
2. ^Sarkar S, Gupta P. Socio-Demographic Correlates of Women's Infertility and Treatment Seeking Behavior in India. J Reprod Infertil. 2016 Apr-Jun;17(2):123-32. PMID: 27141468; PMCID: PMC4842234.
3. ^Fitzpatrick JL, Willis C, Devigili A, Young A, Carroll M, Hunter HR, Brison DR. Chemical signals from eggs facilitate cryptic female choice in humans. Proc Biol Sci. 2020 Jun 10;287(1928):20200805. doi: 10.1098/rspb.2020.0805. Epub 2020 Jun 10. PMID: 32517615; PMCID: PMC7341926.
4. ^Jokiniemi, Annalaura, et al. "Post-copulatory genetic matchmaking: HLA-dependent effects of cervical mucus on human sperm function." Proceedings of the Royal Society B 287.1933 (2020): 20201682.
5. ^Jokiniemi, Annalaura, et al. "Gamete-level immunogenetic incompatibility in humans–towards deeper understanding of fertilization and infertility?." Heredity 125.5 (2020): 281-289.
6. ^Watkins WS, Thara R, Mowry BJ, Zhang Y, Witherspoon DJ, Tolpinrud W, Bamshad MJ, Tirupati S, Padmavati R, Smith H, Nancarrow D, Filippich C, Jorde LB. Genetic variation in South Indian castes: evidence from Y-chromosome, mitochondrial, and autosomal polymorphisms. BMC Genet. 2008 Dec 12;9:86. doi: 10.1186/1471-2156-9-86. PMID: 19077280; PMCID: PMC2621241.
7. ^Bamshad M, Kivisild T, Watkins WS, Dixon ME, Ricker CE, Rao BB, Naidu JM, Prasad BV, Reddy PG, Rasanayagam A, Papiha SS, Villems R, Redd AJ, Hammer MF, Nguyen SV, Carroll ML, Batzer MA, Jorde LB. Genetic evidence on the origins of Indian caste populations. Genome Res. 2001 Jun;11(6):994-1004. doi: 10.1101/gr.gr-1733rr. PMID: 11381027; PMCID: PMC311057.
8. ^Thanseem, I., Thangaraj, K., Chaubey, G. et al. Genetic affinities among the lower castes and tribal groups of India: inference from Y chromosome and mitochondrial DNA. BMC Genet 7, 42 (2006). https://doi.org/10.1186/1471-2156-7-42
9. ^https://www.brown.edu/academics/population-studies/news/article/2021/interracial-couples-have-lower-fertility-rates-average-qian-finds
10. ^连续一年无保护交配仍无法怀孕