目前“昆仑石刻”确实有很多不清楚的地方，如文本内容没有确认或达成完全一致的意见；应用自然科学手段定年的工作也没有成果发表。
不过，认为一处遗存是今人伪造的，或者说遗存年代是现代，需要非常强的证据。而目前所有提出的质疑及其理由，都远远达不到这种程度。经过若干公开发表的讨论，很多“疑问”完全不能构成“伪造”的证据。
“昆仑石刻”内容大意为，秦始皇廿六（或卅七）年，皇帝派遣五大夫翳率领一些方士，乘车前往昆仑山采摘长生不老药。不少人根据文本内容就判断，当时的秦人车队到达不了河源地区。
秦代使者为何寒冬季节前往当地？
有学者认为，冬天前往高原采药违背常理，“人马不被冻死也会饿死”。
这是由于缺乏青藏高原野外工作经验导致的误判。即使在今天，如果没有铺公路的话，在夏季经过青藏高原上的湿地前往荒野深处，也困难重重。在暖湿的丰水季，容易阻于河流、陷在湿地中寸步难行，相反，在寒冬的枯水季，水面结冰、地面“冻硬”，很多夏季难以到达的地点就变得容易接近了。（周行康：青藏高原田野调查视角下的“昆仑石刻”，《光明日报》7月7日8版）
仝涛认为，使团选择在冰冻的冬季出行，一方面，可能是迫于秦始皇的紧急需求；另一方面，更可能是受青藏高原气候环境及古代交通条件所限，不得已而作出的选择。秦时的黄河上游尚未有足够的桥梁、舟船等渡河条件，黄河源高海拔地区又多湿地、沼泽，夏季极易陷车，只能在寒冬季节水枯结冰之时，车辆人马方可履冰通行。黄河上游桥梁系统的建设，发生在汉代之后，至隋唐时期唐蕃古道开通之后逐步完善，此后才有条件在夏季丰水季节乘车实现高原的穿越。（回应学界关注的青海黄河源秦始皇遣使“采药昆仑”石刻——访中国社会科学院考古研究所研究员仝涛）
马车能到黄河源头的扎陵湖畔吗？
有学者认为，以青藏高原的地形地势，如果没有大规模修路，秦代的车上不去。
刘钊认为，扎陵湖地区虽然海拔4000多米，不可谓不高，但是从实地考察照片看，湖周围地势却相对平缓，车完全可以上得去。青海海西州格尔木市郭勒木德镇（平均海拔3000米左右）西北约70公里的昆仑山脚下，曾发现野牛沟岩画，时代约距今3000年，其中就有如下未完成的车和两马驾单辕车的形象。在青海海西州天峻县江河镇（平均海拔近4000米）的卢山山丘上，也曾发现过卢山岩画，时代约距今2000年，其中有如下车猎的形象。
岩画上车的样子与野牛沟岩画上车的形状一致，同甲骨文中“车”的形象也很接近，不同在于此车车舆为圆形，而甲骨文中的车舆是长方形。据汤惠生先生在上引书中论述，在青海柴达木盆地出土的属于西周时期羌人文化的诺木洪遗址中，曾发现过两件车毂。《汉书·赵充国传》载赵充国攻击先零羌时，曾将其驱赶至青海湖周围，并“虏马牛羊十万余头，车四千余辆。”可见当地先民很早就开始用车。扎陵湖距两处岩画发现地都不太远，约300公里和200公里，距诺木洪约100多公里，应该有着相近的生活习俗，所以推测扎陵湖附近的先民，也应该从很早就开始用车。
远行需要很多装备，每到不熟悉处还需找向导，与外族沟通也需翻译。以五大夫翳为首的采药团队因路途遥远，装备必不能少，自然要有车随行，路上也可以随时购车或雇车，所以昆仑刻石铭文中的“车到此”中的“车”，既有可能是本来随行的车，也有可能为路上购置或傭僦的车。既然当地先民早就开始用车，在当地购置或傭僦车也就是很自然的事了。（刘钊：再论昆仑刻石，古文字微刊，2025年06月30日 ）
“昆仑石刻”位置远超秦的西部边界？
有学者认为，秦始皇对西部名山的认识与认可，与国家版图一致，与战国末期地理著作《禹贡》确定的长江源岷山、黄河源积石山吻合。所以，“昆仑石刻”所在的位置远远超出秦始皇天下名山的西部边界。
刘钊认为，其实中国大地上的先民从很早开始就有将探险当乐趣，视万里为坦途的气度。据权威研究，最迟到商代中晚期时，商文化的影响已经东到山东半岛，西到陕甘交界，北到鄂尔多斯高原，东北到辽宁朝阳，西南到四川广汉，最南到广西武鸣，可谓泽被广阔，影响深远。
汤惠生认为，“远游”、寻仙、采药的传统至少从周穆王就开始了，后来秦皇汉武踵其迹：秦始皇5次远游巡幸，汉武帝34次远游巡幸，其主要目的都是寻仙求仙或登仙。此外，对寻仙勒石以纪的传统也是从周穆王开始的。《穆天子传》中还回答了一个关于车的问题，即穆天子“驾八骏之乘”“周行天下，将皆必有车辙马迹焉”。这都是文献记载，而相应的考古材料中我们也有实证，从而构成二重证据。穆天子西巡发生在距今3000年前左右，其时代恰好与野牛沟岩画的时代重叠；更凑巧的是野牛沟岩画中出现了三辆单辕双轮的马车图像，尽管挽车的只是双马，而不是《穆天子传》中所说的“八骏之乘”。野牛沟地处昆仑山，沟内也有被称为“瑶池”的西王母胜迹与之呼应，虽然我们不能由此便实证穆天子西巡会西王母的地点就在这里，也无法证明野牛沟岩画中的车就是周穆王西巡的“八骏之乘”（八骏很有可能只是一种修辞，因为史料云“天子驾六”，秦始皇的马车也只用六匹马拉的“天子驾六”），但我们由此可证实昆仑采药石刻中“车”和“采药”（求仙）等文本记录不仅符合西周以来的远游求仙传统，而且也符合秦始皇勒石以纪的习俗。（汤惠生：“采药昆仑”石刻的考古学和文本研究，《光明日报》7月4日8版）
何以保存完好，看上去不像是经受两千多年风雨侵蚀的样子？
另一类质疑声音，不是依据文本内容，而是痕迹。严格来讲，这不是历史学研究者专长，但在普通人看来，却是比较有力的证据。对此，也有很多学者做出了回应。
汤惠生认为，其实目前所有关于对遗址本体的怀疑，都是一种主观感受，讨论者只是凭借照片进行想象，想象那里的环境、天气和自然侵蚀程度。对此，举一个岩画的实例便可打消对石刻的疑虑。青海海西州野牛沟岩画地处海拔3900米的昆仑山，经微腐蚀测年认为是距今3200至2000年的古人作品，而且岩画制作在硬度弱于玄武岩的花岗闪长岩上，画面上有双轮马拉车、牦牛、狩猎、牵驼、出行等图像，大多岩画的刻痕与昆仑采药铭文一样清晰与新鲜。野牛沟岩画的例子说明，仅凭岩刻画的腐蚀程度是无法推测其年代的，因为根据微腐蚀测年法的理论，影响岩石腐蚀程度的最主要自然因素是雨水而不是风。也就是说在比较石刻的腐蚀程度时，关键的环境因素是降雨量。所以对于野牛沟和昆仑采药石刻所在的扎陵湖这种年降雨量300毫米左右的地区而言，仅凭所谓内地石刻侵蚀“常识”来判断，很容易误判。
关于石刻的具体年代，我们可以通过微腐蚀观察来确定其年代，即通过显微镜对岩石晶体腐蚀程度的观察来测定年代，这是通过显微镜观察，建立在数据比较基础上进行研究。现代科学中，“一眼假”或“大开门”的说法并不适用于科学研究。（汤惠生：“采药昆仑”石刻的考古学和文本研究，《光明日报》7月4日8版）
周行康选取自然条件、石质岩性与“昆仑石刻”相近的昆仑山脉岩画、玉树岩画、甘孜北路岩画、阿里日土岩画等，进行直观比较，认为首先可以排除近百年内创作的可能性，总体符合距今两千年以上的观察经验。他还认为，“昆仑石刻”所处具体位置，为冻土地带上一块平卧的巨大岩体裸露于地表以上的部分，其主体深埋于地下。可以看到这块岩石还存在着层状节理和几道明显的裂缝，从而提供了刻痕与岩石裂缝关系的观察角度。从刻痕与岩石裂缝交界处呈现的状态和细节来看，符合刻画年代比较久远的特点：刻痕与裂缝存在着相当长时期共同风化的一致特征。另外，从现场图片可以观察到：在文字刻上去之后，岩石主要受内应力逐步释放带来的开裂，仍在缓慢持续发展。（周行康：青藏高原田野调查视角下的“昆仑石刻”，《光明日报》7月7日8版）