1962年，梅汝璈写成了《关于谷寿夫、松井石根和南京大屠杀事件》一书，揭发日本侵略者在南京的暴行，结果被扣上了反对国际主义，煽动民族仇恨，吹鼓战争报复的帽子。梅汝璈不得不一次一次地就这些问题做检查交代。
1963年，高兴祖写成了《南京大屠杀-侵华日寇暴行实录》一书，此书本已完成了出版准备工作，但是在发行前上级表示此书与日中友好的大局不符，不宜出版，最后只印了15本样书。
朝鲜战争时，中国报纸将南京的美国人描述为帮助日本人进行屠杀的恶棍，还有文章指责南京沦陷时安全区外国人将南京城拱手让给日本人。另外的文章则称安全区国际委员会是一个帝国主义者的组织，与日本侵略者串通一气。
在南京保卫战中，很多国民政府军人牺牲，其中最少有九位将军，中下级军官和士兵有几万人“但在南京保卫战中壮烈牺牲的国民政府军人，和在日军大屠杀中被杀害的国民政府军人，在建国后却被打成‘历史反革命’、‘反动军官’。”
抗战胜利后参加审判南京大屠杀日军战犯的国民政府法官，也被打成‘反动法官’，坐牢的坐牢，关押的关押，流放的流放，头上戴着‘历史反革命’的帽子，没有好下场。在这个背景下，自然不可能深入追究日军南京大屠杀的罪恶。
1959年，日本战犯被组织来南京，但不是去祭奠南京大屠杀死难同胞，而是去雨花台默哀被国民党杀害的革命先烈。
上世纪80年代，南京大屠杀终于重回公众视野。1982年是一个节点。
当年7月，日本文部省审定教科书时，把“侵略华北”和“全面侵略中国”等段落中的“侵略”改为“进出”，把南京大屠杀改为“占领南京”。中国针对教科书事件向日方正式提出交涉，《人民日报》也发表了《必须牢记这个教训》的评论。此后，中方展开调查。
1983年11月，南京成立了“南京大屠杀”编史、建馆、立碑办公室，筹备建立纪念馆。
1984年2月至6月，官方首次有组织、大规模地调查南京大屠杀，发现了幸存者、目击者、受害者1756人。
1985年8月15日，抗战胜利40周年之际，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆落成开放。此时距南京大屠杀已近半个世纪。
记忆的复苏，是一个缓慢的过程。直到上世纪90年代，上海人民出版社1991年版的《中华民国史辞典》仍未将“南京大屠杀”收入，却收入了“南京惨案”词条，描述了1949年南京示威游行学生被国民党军警打死2人的史实。
被忽略的还有遗址。1990年陕西人民教育出版社出版的《中华旅游辞典》，描述了革命烈士陵园雨花台，对南京大屠杀遗址只字未提，1991年中国工人出版社出版的《中国历史文化名城小辞典》亦如是。
南京大屠杀幸存者亦命途多舛。1995年，当张纯如踏上南京寻觅幸存者的时候，看到幸存者是一些穷人，“他们大多住在黑暗、肮脏的房屋里，屋内潮湿，散发着霉味，到处是贫困的痕迹。”
纪念日也是如此，以色列在1951年正式举行纳粹大屠杀纪念活动，1959年正式通过立法将纪念日固定下来。新加坡政府于1967年2月15日树立“日本占领时期死难人民纪念碑”，并将每年的2月15日设立为“全面防卫日”，以纪念日占期间死难的同胞。
日本广岛自1947年起，每年8月6日8:15（即原子弹爆炸时刻）举办“原子弹爆炸死难者悼念仪式暨和平祈愿仪式”，广岛市民自发展开悼念活动，默哀、献花。长崎自1948年起每年8月9日11:02（爆炸时刻）举行纪念仪式，内容与广岛类似。
而中国直到2014年2月27日，才将每年的12月13日设立为南京大屠杀死难者国家公祭日，距离南京大屠杀惨案发生已经过了整整77年。
之所以2014年中国设立公祭日，还是受外部刺激导致。2010年广岛65周年仪式，美英法首次派代表出席，2011年长崎仪式更是有46个国家派代表参与。