关注这个问题有好几天了，今天尝试着回答一下。如果手头文献多的话可以写上好几千字，但是压根找不到什么文献，所以只能结合旧知识概括地讲一下。
首先就是要明确EU4里的教条主义(Legalism)是什么，而与其相对的概念神秘主义(Mysticism)又是什么。我四年前备考法律史考研时，专业课是法综（法律史、法理学、宪法学、民法学、刑法学、诉讼法和经济法）和法律史。后面的法律史是重中之重，比前面法综里的法律史深的多，其中中国法律史包括从夏朝到近现代的立法概况、司法制度、法律文化等内容，外国法律史包括古代、中世纪和近现代欧美国家的法律，自然也包括伊斯兰法在内。
上岸后每个同学都有自己专攻的领域，比如我的室友分别精研德国法、日本法和美国法（要是他研究意大利法的话就可以凑个轴心三人组了）。由于阿拉伯语比较难学和缺乏兴趣，所以身边没有研习的，我自然也只知道最基础的（教材上）的知识。
简单说，伊斯兰法在结构上可以分为沙利亚（Sharia）和菲格海（Fiqh），前者代表神圣律法的本源（宗教启示色彩浓厚），后者代表人类对律法的解读与实践（更世俗一些）。
而从伊斯兰法渊源（教法学家在法律创制时应当遵循的依据）上看，它可以分成经训、公议、类比等正式渊源和择善、公益、习惯、连续性等辅助渊源。
还有个比较重要的就是于阿拔斯王朝时期正式形成的四大教法学派：哈乃斐、马立克、沙斐仪、罕百里。这些学派不仅在世界史和法律史教材中会讲到，也在游戏内容里有所体现。
了解了这些基础知识后，我们再来看看教条主义和神秘主义在EU4中究竟代表什么。先看游戏里两种主张对应的图标（我刚刚下了英文原版EU4并截了图），教条主义的图标是一个端坐的洋葱头男人，神秘主义的图标是一个翩翩起舞的男人。
这个洋葱头男人可能是代表君权的苏丹，也可能是代表宗教权威的教法学者，总之是权威的体现。
EU4中教条主义的内涵其实就藏在英文名Legalism中，顾名思义是法律主义（或称法条主义），信奉法律文本至上，也就是认为应当严格遵循经训等法律渊源的条文来行事。正好中文语境中与“经验主义”相对的“教条主义”本身也有唯书本上的教条是从的意味。
而这个翩翩起舞的男人，则是苏菲主义的代表。稚嫩的魔法师曾经做过讲述奥斯曼帝国历史的视频系列，其中也夹杂着他本人在土耳其各地旅游时的见闻，其中就有苏菲派人士跳舞的片段。各位自行把这张图和上面对比一下，棕色毡帽一模一样，白色长裙一模一样，除了双手姿势和面向角度外外其他动作姿势都一模一样。
苏菲在阿拉伯语中意为“羊毛”。在古代阿拉伯半岛,羊毛衣是社会贫困阶层和沙漠隐居者的服装。苏非主义倡导苦行之道，其追随者大都身着羊毛粗衣，因而得名。除了提倡禁欲主义外，苏菲派还倡导独身、冥思、长期守夜和徒步朝觐等做法，也包括图中的转圈圈舞蹈。
8世纪中叶以后，苏菲主义广泛发展了神秘论的思想内容，极力追求凡人与神之间的直接知觉。这种直接知觉并不是来自理性的思辨，而是通过神秘的内心领悟（可以类比为禅宗的顿悟），因此是典型的神秘主义思想，与教条主义对立。
搞清了两种主张的基本区别，我们再来分析为何EU4中设定教条主义值越高，科研花费越少。同样得从历史性和游戏性两个维度考虑。
在历史上，四大教法学派正式成立是阿拔斯王朝时期，此时的阿拉伯帝国达到空前鼎盛时期，首都巴格达成为世界贸易与学术中心。同期帝国出现的著名的“百年翻译运动”保存并发展了古希腊、波斯、印度学术精华，在数学（花拉子米）、医学（拉齐）、化学（贾比尔）等科学领域都有显著成就，还出现了“智慧宫”这样的高等学术机构（顺带一提，《刺客信条：幻景》的游戏背景也是这一时期，花拉子米也登场了，地位类似艾吉奥三部曲里的艾吉奥，叛变和三代里的富兰克林以及枭雄里的亚历山大·贝尔）。
这一时期阿巴斯帝国突出的科研成就当然离不开强大的国力与中央集权的支撑。世界史考研教材吴齐本的观点认为，阿巴斯王朝统治的最有力支柱是完善而有效的官僚机构（军队的重要性甚至排在其后），而这套机构的运行自然以完善的伊斯兰教法立法和司法为基础。
因此，完整的因果逻辑链条应该是这样的：教条主义值越高——伊斯兰教法学者地位越高，伊斯兰教法体系趋于完善——帝国官僚体系越高效运转，国家机器效率越高——科研的投入产出比越高，相对的科研花费越少。
再进行更具体的阐释，正因为立法发达，司法制度完善，所以像马门哈里发这样的统治者才有充足的资源进行分配，能派遣使者分赴各地搜集典籍，不远千里让使者去拜占庭求索《几何原本》，去鼓励学者翻译著作，给译者与译著等重的黄金作为犒劳，访贤求学，兴办教育机构。
至于游戏性的角度，简单说就是EU4先射箭再画靶子，总要给伊斯兰教国家设置一些不同于基督教国家的特殊机制，以增加游戏的可玩性嘛。教条主义与科研花费，两者虽然关系远了一些，但总能像我这样进行自圆其说的逻辑推导。与其说教条主义值越高科研花费越少让人难以理解，倒不如说神秘主义给的那些buff才令人费解呢。毕竟苏菲主义向来是以教团的方式影响某些伊斯兰教国家的社会，但几乎很少被定为国教。
因为这次写的内容相对严肃，所以最后放个参考文献吧。因为知道你们大多数人不会去细看（恼），所以页码啥的省略一些。
参考文献
1.何勤华主编：《外国法制史》，北京法律出版社2011年版，第127-146页。
2.吴于廑，齐世荣主编：《世界史·古代史编》，北京高等教育出版社2011年版，第87-90页。