1. EVA的设定中的三座要塞城市东京本京、第二新东京市、第三新东京市分别映射明朝的三次迁都：南京、北京和南明永历帝被俘的昆明。
2. EVA设定背景中人类经历的三次冲击则象征着有损大明国本的三次灾难，分别是土木堡之战、清军入关和南明灭亡。
3. 绫波丽名字源自大日本帝国海军的驱逐舰绫波号，代表色是象征水的蓝色，因此绫波丽象征着三点水的“清”。绫波丽原本是背景空白没有人性的克隆人，在剧集中逐渐显露出情感波动，寓意着毫无文化底蕴的游牧民族满清在入主中原后吸收融合汉文化。TV剧集中有三个绫波丽：第一个丽象征着兴兵谋反的努尔哈赤，第二个丽象征着入主中原的皇太极，第三个丽象征着满清入关后的第一任皇帝顺治。
4. 明日香的代表色是红色，正红色象征着朱家，即明日香代表明朝朱家正统后裔。明日香的母亲性格强势精神癫狂最终上吊而死，象征着在煤山自挂东南枝的崇祯帝。明日香性格敏感始终不肯打开心扉，对队友态度恶劣跋扈，这是在映射南明政权各自为政缺乏信任，这就是“心之壁”。
6. 碇源堂的形象则参考了冲冠一怒为红颜的吴三桂：吴三桂为了陈圆圆引清军入关，碇源堂为了碇唯开启人类补完计划；吴三桂暗中串通皇太极，碇源堂私下扶持绫波丽。人类补完计划即满清的民族融合计划，橙汁暗示着满清入关时在明末实施的几次罄竹难书的大屠杀。
7. 碇真嗣则是庵野秀明作为明朝遗民的自我映射，碇真嗣是字面意义上的孤臣孽子，在NERV内部孤立无援，与父亲关系势同水火，隐喻着明末遗民群体“天下哀霜、人若转蓬”的悲惨境遇。碇真嗣迷恋着并非生母的绫波丽，又共情着精神崩溃的明日香，暗示着明末遗民认贼作母却仍对大明心怀幻想的矛盾心理。TV版的结局是碇真嗣试图亲手掐死明日香未遂后陷入深深的自我厌弃，明日香没有反抗却又骂真嗣恶心（気持ち悪い）则隐喻明朝遗民和南明之间的扭曲关系。
8. 葛城美里、赤木律子、加持良治的原型分别是李定国、孙可望和郑成功，即南明抗清的三大势力。葛城美里和真嗣的一吻隐喻李定国逃亡缅甸抗清，赤木律子一度为碇源堂所诱惑最终被杀隐喻着孙可望降清被害，加持良治被明日香爱慕则象征着隆武帝赐郑成功朱姓。葛城美里和赤木律子曾是朋友象征着李定国和孙可望曾在张献忠麾下并肩作战却分道扬镳，葛城美里和加持良治曾是恋人则象征着李定国和郑成功曾约定会师北伐却未果。
新剧场版里葛城美里和赤木律子一起领导WILLE对抗NERV则寄托了铁血明粉庵野秀明最美好的祝福：如果李定国和孙可望没有决裂、如果李定国和郑成功通力合作，那么南明能否与满清南北分治呢？
踌躇满志许富贵，无言相告走麦城。昔日九州今何在，江山从此归寂寥。大明依然在！
9. 真希波象征着孙文，一个TV版（即明末）并不存在的角色，拥有很深的年下情节。新剧场版中碇真嗣最终与真希波牵手象征着明末遗民碇真嗣无法再继续将绫波丽 (满清) 视作母亲，即使爱过明日香也无法相守（尝试复兴大明最终放弃)，最终选择携手真希波 (孙文和三民主义) 走向新世界。真希波爱过碇真嗣的母亲碇唯则隐喻孙文拜谒明孝陵。
10. 渚薰象征着明末的传教士群体、基督教、贝多芬、LGBT、自由意志（即自由天使Tabris）都是彻头彻尾的西方文化入侵。渚薰的昙花一现象征着中国短暂接触了西方文化却又亲手掐灭。
由此可见庵野秀明是铁血明粉，他甚至把“明”字嵌在自己的本名中来表达对大明深深的眷恋之情。
庵野秀明在1995年创作的TV版EVA由于表达形式过于晦涩难懂，很多观众领略不到他的本意，居然纷纷爱上了代表着满清的绫波丽，就像十几年前很多肤浅愚昧的观众因为《雍正王朝》《孝庄秘史》一类的作品就对满清政权蒙上了不切实际的滤镜。
因此庵野秀明痛定思痛，顶着被骂“炒冷饭”的嘲讽，毅然决然创作了EVA新剧场版，通过减轻对明日香性格缺陷的描写（减少描写南明政权内斗的篇幅）、刻画葛城美里和赤木律子携手对抗NERV（畅想李定国和孙可望并肩作战的世界线）以及增加真希波这个隐藏女主角（引用孙文来支持民族主义）等手段潜移默化地引导观众。
果不其然在新剧场版推出后明日香的人气反超绫波丽，这和明粉的声量远超清粉是同时发生的。
在反清复明清源正本的贡献上庵野秀明堪称日本的当年明月，所谓海外有孤忠！