很可能是真的。
1，大家要知道这不是碑，这是刻石，且是摩崖刻石。刻石和碑有代差，秦无碑，碑是汉代才有的事物，东汉成熟，燕然山铭是碑化的刻石，所以很规矩。摩崖刻石本就是随形就势，字距行距并不强迫，字形大小错落也很正常。再说，即便如诏版这种庙堂级物件，也可以大小错落笔画参差，何况摩崖刻石。
3，黄河源刻石，和泰山刻石、琅琊台刻石不能比，后者是纪功性，始皇帝东巡亲至，上不封顶的狗腿颂辞，加上二世诏书，无论书丹刻工还是石基标准，严肃性是天花板级，而黄河源刻石只是小分队的纪事性，没有找块高处的大石头打磨光滑不是否定人家的理由。(经地质专业的答主确证，该刻石在当地已属高貌)
4，我仔细看了每一个字的结体，可以负责任的说，无一字不秦。像「翳」、「卯」等小篆在《说文》中都是错的，而该刻石的篆法完全合古。峄山、会稽这种是后世摹刻伪托者，我们能一笔一划驳斥的它体无完肤。但黄河源刻石，我们很难从文字角度说这是后人作伪。
后记：刚看到有人民大学某教授说是元清皇帝所为，这个淡扯大了。这么说吧，仅就「卯」字，东汉至晚清，传抄篆法统统都是从《说文》之讹，直到近代才根据甲骨文矫正，该刻石的「卯」字完全经得住甲骨文和商周金文的矫验。再说「翳」，也是直到近代才弄明白了所从是「彗」而非「羽」，该刻石的篆法完全正确。
4，昆仑之仑，刻石作「陯」，从阜，山、阜义近，唐韵书《刊谬补缺》：「陯，山名。」黄河源刻石证明「陯」即昆仑之本仑，是「崘」的古字，唐韵书所记不虚。这里的「陯」是金石之仅见，能与放马滩古地图上的墨迹互证为秦系文字结体。寻常作伪者能扒出这个生僻字来可能性不大，对作伪来说也是不稳妥的。「陯」在《说文》中亦有收，但是作为沦陷之「沦」的异体存在的，与我们今天谈的「陯」是同形字关系。
有答主说刻石中「陯」之「侖」下是四竖，而《说文》中「陯」是五竖，其实不必纠结，古文字没那么严谨，不同时代或相同时代出现三、四、五笔都是正常，「冊」本是「册」，今册字不也是四竖么。
补充：放马滩秦墓发掘于1986年，在此之前，「陯」仅见字书，还是被当沦陷讲，无法给作伪者提供参照。另据湖南考古文物研究所张春龙在2017年向媒体披露，里耶秦简新整理一批简文有「琅邪献昆陯五杏药」字样，我暂没找到简文原图，我们加上里耶简文，「陯」见于金石简帛也就三例耳，且都是秦文。而2020年黄河源刻石即已发现。黄河源刻石复证了「陯」的正字身份，昆仑之本仑至此无疑。至于昆仑只有西昆仑，还是有东西两昆仑，我们此处不议。
5，释文可商。比如方字下面释为「士」，我们不知道整理者的理据是什么。按说士字本是斧钺象形，和「王」字同出，无论商周秦汉文字横画都是平直的，刻石中该处笔画不似士而似「矢」。当然，方矢不成词句，也不大可能是方士的假借，若无定释，还是应当老老实实画个「囗」。
后记：有答主说廿六可能是廿七或卅七，如此便能对上己卯日。然「七」的篆法和「十」相似，就像是横长竖短的十，横画是平直的，刻石中明显是弧形笔画，释为六没错。
