我建议采用以下的反制措施：
建立一个全球船只的数据库，记录船只一年之内的停靠港口。当船只停靠中国港口的时候，统计在上一次停靠中国港口之间停考了多少次美国港口，按照中国船东的标准应当缴纳多少钱，然后要求补齐和实际缴纳的差额。
例如中国船东需要缴纳50美金，中国船需要缴纳30，而外国船东外国船免费；那么下次停靠中国港口的时候，中国船东不需要补费用，中国船需要为每次在美国港口的停靠补20美金，外国船则需要50美金。多次停靠多次计算，同一次停靠只会被收取一次，缴费系统自动记录停靠美国港口的次数和已经缴费的次数。标准永远和美国收费标准实时同步，如果按照货物重量计费，则船只可以选择提供材料申报之前的载货量，也可以选择按照本次进中国港口的载货量来补差价。
这样做的结果是除非某条船一年内一直不停靠中国港口，否则不管船籍如何制造商如何，每次停靠美国港口产生的成本都是一样的，区别只在于这次停靠美国港口缴纳还是下次停靠中国港口缴纳而已。这样中国船的运费就不会产生劣势。而且额外的成本都会计算在和美国有关的航线的运费上，只会让进出美国的航线运费上涨（无论是不是美中之间），而不影响中国与其他国家航线的运费。
这样的政策应当能抵消大部分对中国造船业和航运业的负面影响。